Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001577`

染色体: Chr05 坐标: 14440902-14444376 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001577`
名称	SmilChr05G001577
描述	endoglucanase 11-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	14440902 - 14444376 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986260`
GeneID	`130986260`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986260`
原始查询	`LOC130986260`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	endoglucanase 11-like
产物	endoglucanase 11-like
Arabidopsis	`AT2G32990` (GH9B8) glycosyl hydrolase 9B8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817861] identity=73.5; qcov=0.932; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0738600` (OsGH9B8) - identity=66.8; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00759 (Glyco_hydro_9)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986260

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057765597.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057765597.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765597.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:14441052`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B9
`Chr5:14441052`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B9
`Chr5:14441409`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B27,C43
`Chr5:14441471`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B21,B41,B71,D9
`Chr5:14441930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:14441960`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:14443666`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B66,B94,D5
`Chr5:14443864`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A13
`Chr5:14443864`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A13
`Chr5:14443959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,A24,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765597.1

501 aa

250

501

Glyco_hydro_9

PF00759 Glyco_hydro_9 28-488 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765597.1`	Pfam	`PF00759`	Glyco_hydro_9	Repeat	28	488	4.5e-160	534.4	Glycosyl hydrolase family 9

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909614.1
ACGCTATAATGAAAGGAAAAGAATAGTAAGTAAAAAGGAAAGAAAGGAAGTGATCGGTAGGAAGTGTAGAGAAGAGAGCTACCTCTCTCTCTCACTGTCAGAAATGGGGTGCAGCAACCCCAAATTATGGCTCCAAATTCTTTTCCTCTTTCCCACGCTTTCCCTCTCCGATCAATTCTTCGACTACGGCGACGCCCTCGCCAAGAGTCTCCTCTACTTCGAGGCGCAACGCTCCGGCCGCCTCCCTTACAACCAGAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986260
ATGGGGTGCAGCAACCCCAAATTATGGCTCCAAATTCTTTTCCTCTTTCCCACGCTTTCCCTCTCCGATCAATTCTTCGACTACGGCGACGCCCTCGCCAAGAGTCTCCTCTACTTCGAGGCGCAACGCTCCGGCCGCCTCCCTTACAACCAGAGAGTGACGTGGCGCCACCACTCCGGCCTCACCGACGGCCTCGAGCAAGGGGTGGACTTGGTCGGAGGCTACTACGACGCCGGCGACAATGTGAAATTCGGGCTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765597.1
MGCSNPKLWLQILFLFPTLSLSDQFFDYGDALAKSLLYFEAQRSGRLPYNQRVTWRHHSGLTDGLEQGVDLVGGYYDAGDNVKFGLPMAFTVTMLSWGVIQFREEIAAAGELGHALEAIKWGTDYFIKAHTHPHVLWAQVGDGDTDHLCWQRPEDMTTSRRAYRLDEDNPGSEVVAETAAAMAAASIVFRRTNPHYSHLLLEHAQQLFEFGDKYRGKYDKSIGGAKGYYTSVSGYMDELLWAAMWLYKATDNLRFFNYTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器