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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000740

染色体: Chr01 坐标: 16399374-16400258 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000740
名称SmilChr01G000740
描述uncharacterized SmilChr01G000740
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16399374 - 16400258 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986268
GeneID130986268
locus_tag-
NCBI NameLOC130986268
原始查询LOC130986268

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986268

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057765642.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057765642.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057765642.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765642.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765642.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:16399596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A20,B24,D2,D6
Chr1:16399643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B26
Chr1:16399658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr1:16399697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr1:16399712 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 20 A20,A22,B119,B129,B43,B68,B69,B71,B80,B91,C1,C16,C45,C63,C71,C74,C8,C83,C87,D2
Chr1:16399727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B68,B71,C45,C74
Chr1:16399741 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B44,C8
Chr1:16399741 T TA 1bp_insertion CDS_variant 2 B44,C8
Chr1:16399742 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 2 B44,C8
Chr1:16399742 TGC T 2bp_deletion CDS_variant 2 B44,C8
Chr1:16399750 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B124,C13
Chr1:16399750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909659.1
ATACCGAACTTCAAAGTGTATTAAGGAAATTCCTAAACAATTGATTTGATCTGATTTGGTAACTCTGGCCATATTCCGGTGACTAAATGATGACATGGACCTCCGGAAAATCCTACGTGGTCACGCCGGGATTAAATCGAAACACAGTCGTTTTGTGTTTTAAAGACGTCGTCGTTTGGATTCGTTTTAACTGAACTTCTTCAATAAATGAGTCGACTTAACCCTAAATTCACAATTTTCTTTCATTTCGTTTGCATATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986268
ATGAGTCGACTTAACCCTAAATTCACAATTTTCTTTCATTTCGTTTGCATATCATTCCAATCCATCTCAATGAGCAAGTATTGGAACAGTGAGACTGGAGAATCGTTTTCGAGCTCGAGCTCGTCTGACCTAGGGTATAACACACCCAACAGCCCGCGTTTTGCTAATTGGGCGGTAGGGCCAAGAAACTGCAAACATGGTCTGGCGTGTGTGAGGACTTCGCACACCCCCGTGAATCCATTGCGGCGCTTCCAATGCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765642.1
MSRLNPKFTIFFHFVCISFQSISMSKYWNSETGESFSSSSSSDLGYNTPNSPRFANWAVGPRNCKHGLACVRTSHTPVNPLRRFQCCNRRGTSADCGFWEWLDPELNDHYKDCITKLRLQVVRADEEREEAKMAATLSLERLDARVRETNSVAMELDLLKAKNDALEGIVRGQLVFALLNGLFACLLCFGLASNLGFG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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