Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001587`

染色体: Chr05 坐标: 14574888-14578364 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001587`
名称	SmilChr05G001587
描述	uncharacterized SmilChr05G001587
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	14574888 - 14578364 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986269`
GeneID	`130986269`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986269`
原始查询	`LOC130986269`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=27.4; qcov=0.655; evalue=1.11e-60; confidence=low
Rice	`Os12g0597300` - identity=30.6; qcov=0.665; evalue=5.56e-74; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986269

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765604.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765604.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765604.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765604.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057765604.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:14575688`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr5:14577074`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr5:14577079`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr5:14577092`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B40,B69,B84,B88,B97,C28,D5
`Chr5:14577248`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr5:14577275`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr5:14577278`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B2
`Chr5:14577278`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B2
`Chr5:14577281`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C74
`Chr5:14577281`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C74
`Chr5:14577288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,C34
`Chr5:14577303`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765604.1

854 aa

427

854

MULE

Transposase_mut

SWIM

PF10551 MULE 470-563 aa PF00872 Transposase_mut 487-638 aa PF04434 SWIM 711-743 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765604.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	470	563	8.2e-19	68.5	MULE transposase domain
`XP_057765604.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	487	638	4.6e-07	29.8	Transposase, Mutator family
`XP_057765604.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	711	743	5.4e-06	26.5	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909621.1
TCTGGCGGATACTTGGTCTGTTAGGCAGAAAATAATATTTTATGTCAAATTATGTATAATTTTTAATTTTTCAGCTTGTTATGAATGTTTAAATATAACATACGCATTCCCCTTTTGTATTTGTTGCGATTTTTTACTTTTAATTTTTTAGTAAAAAATTAAAAGTACATACTGAGAAGGTGACTCTGCAAAAAATTTGGTTGTAGTGGGGCATTAATGCTAATTTTATGCATGCGTGAGGTGACATGCAATAATAGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986269
ATGGAATTCGTGAGATACATATATGTGAGATACAACGGAGTCGTCGATGGTATACACTATGTTGGCGGGGCTACGGAGGTCCTTCCCCTCTTAAATGAAACAGTTGCGAGCCTGATATACAGCATCAACAATGTGCTGACAATGCATTCGTTGAGCCCGAACTATCAATTGTATTATTTGGCGACCAATCGATTTGGAAGGGAGACGAAATGCGTAATAAGTGACGACGATGATGTGCAAGGCTTGTTGGAAACTGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765604.1
MEFVRYIYVRYNGVVDGIHYVGGATEVLPLLNETVASLIYSINNVLTMHSLSPNYQLYYLATNRFGRETKCVISDDDDVQGLLETAEYPMVYVEHNNDPVEEAYIPTFDFGQASGYGDDEAQSSQYETSYHARESAPPTQYFSWDGQLLDESAWNLNEMCGRFNQVRTDDDSDEEAVQPEDEAEEPDDDSDEEDEEYDPTNESGTDSAASEDLLDDDLIEFTATERAGWIRQSRTRHGNPTDSTGELSNWIVPLIPVDAT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器