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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002732

染色体: Chr01 坐标: 45676818-45680727 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002732
名称SmilChr01G002732
描述mitochondrial carrier protein CoAc2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向45676818 - 45680727 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986272
GeneID130986272
locus_tag-
NCBI NameLOC130986272
原始查询LOC130986272

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial carrier protein CoAc2-like
产物mitochondrial carrier protein CoAc2-like
ArabidopsisAT4G26180 (AT4G26180)
Mitochondrial substrate carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828724]
identity=75.7; qcov=0.927; evalue=1.13e-175; confidence=high
RiceOs01g0708900
-
identity=60.6; qcov=0.906; evalue=2.56e-135; confidence=high
GOGO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986272

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057765614.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057765614.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057765614.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765614.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765614.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:45678833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:45678992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,C15,C57
Chr1:45679435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr1:45679456 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr1:45679824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765614.1
342 aa
N
1
171
342
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 19-104 aa PF00153 Mito_carr 115-215 aa PF00153 Mito_carr 220-310 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765614.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 19 104 8.5e-73 240.9 Mitochondrial carrier protein
XP_057765614.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 115 215 8.5e-73 240.9 Mitochondrial carrier protein
XP_057765614.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 220 310 8.5e-73 240.9 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909631.1
CGTTGGATAACACCTAATAAAAATTCCCTTTTCTATTAAATTCCGAATATTTCTTTAATGAATCCAACCAAGATTGAAACTCTGTCCTAAAGAAACGTATATATATTCAGTTTCGGTTGCGTTGCGTATTAACCGCTGATTCTTTTCCCAGAAAACTCCACAACTCAGTTAGCACCTTCTATTTCTTCAAGGTATCTAAAGAGAGAGATAGGTTTGTATTGGGGAGCAAGTCAAAGGGTGTTGTGTTGTGTTGTGGGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986272
ATGGGAGAAGAGAGAGATGGTGGGGTGAATGGATTAATAGATGGGATGCCTGTTTTTGTGAAGGAGCTAATTGCTGGTGGTGTGGCTGGTGGATTTGCCAAGACCGTTGTTGCCCCTCTCGAACGCGTCAAGATCTTGTTCCAGACCAGAAGAGCTGAGTTCCATAGTCTTGGTTTATTGGGATCCTTCTCAAAAATTGCGAAAACAGAAGGGGTGCTTGGTTTTTATAGAGGGAATGGAGCTAGTGTCGCACGCATTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765614.1
MGEERDGGVNGLIDGMPVFVKELIAGGVAGGFAKTVVAPLERVKILFQTRRAEFHSLGLLGSFSKIAKTEGVLGFYRGNGASVARIVPYAALHYMAYEEYRRWIILGFPDFGRGPVLDLVAGSFAGGTAVLFTYPLDLVRTKLAYQVVESSKIAVQRHAQKDIFYNGIRDCFSKIYKEAGMRGLYRGVAPSLYGIFPYAGLKFYFYEEMKRHVPEDHKKDITVKLVCGSVAGLLGQTFTYPLDVVRRQMQVQRLIISDSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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