Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001594

染色体: Chr05 坐标: 14643535-14647221 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001594
名称SmilChr05G001594
描述uncharacterized SmilChr05G001594
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向14643535 - 14647221 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986276
GeneID130986276
locus_tag-
NCBI NameLOC130986276
原始查询LOC130986276

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述high mobility group A5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841283]; symbol=HON5; hit=AT1G48620; species=arabidopsis; confidence=weak
产物high mobility group A5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841283]; symbol=HON5; hit=AT1G48620; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT1G48620 (HON5)
high mobility group A5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841283]
identity=46.8; qcov=0.148; evalue=3.23e-09; confidence=weak
RiceOs08g0428800 (P0479C08.106)
-
identity=51.1; qcov=0.107; evalue=7.85e-08; confidence=weak
GOGO:0000786 (nucleosome); GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005730 (nucleolus); GO:0006334 (nucleosome assembly); GO:0030261 (chromosome condensation); GO:0031492 (nucleosomal DNA binding); GO:0045910 (negative regulation of DNA recombination)
KEGG-
PfamPF00538 (Linker_histone)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986276

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765615.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057765620.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057765620.1
4 Nuclear body 核内小体 0.60000 XP_057765615.1
5 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.20000 XP_057765620.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:14643764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B84
Chr5:14644059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr5:14644115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C42
Chr5:14644149 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B9,C11,C28,C69,C74
Chr5:14644175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:14644236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:14644324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B112,C32,C68
Chr5:14644418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:14645845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B112,C32,C68
Chr5:14645856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr5:14645923 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C60
Chr5:14645980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765615.1
488 aa
N
1
244
488
Linker_histone
C
PF00538 Linker_histone 65-122 aa
XP_057765616.1
488 aa
N
1
244
488
Linker_histone
C
PF00538 Linker_histone 65-122 aa
XP_057765617.1
488 aa
N
1
244
488
Linker_histone
C
PF00538 Linker_histone 65-122 aa
XP_057765618.1
488 aa
N
1
244
488
Linker_histone
C
PF00538 Linker_histone 65-122 aa
XP_057765619.1
488 aa
N
1
244
488
Linker_histone
C
PF00538 Linker_histone 65-122 aa
XP_057765620.1
419 aa
N
1
210
419
Linker_histone
C
PF00538 Linker_histone 2-53 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765615.1 Pfam PF00538 Linker_histone Domain 65 122 1.1e-09 39.0 linker histone H1 and H5 family
XP_057765616.1 Pfam PF00538 Linker_histone Domain 65 122 1.1e-09 39.0 linker histone H1 and H5 family
XP_057765617.1 Pfam PF00538 Linker_histone Domain 65 122 1.1e-09 39.0 linker histone H1 and H5 family
XP_057765618.1 Pfam PF00538 Linker_histone Domain 65 122 1.1e-09 39.0 linker histone H1 and H5 family
XP_057765619.1 Pfam PF00538 Linker_histone Domain 65 122 1.1e-09 39.0 linker histone H1 and H5 family
XP_057765620.1 Pfam PF00538 Linker_histone Domain 2 53 5.2e-06 27.3 linker histone H1 and H5 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909635.1
CTTAGTATACAATGCCCTTCCCTTAATACGATTACATTTCCTCCCTTCCTCCCTAGAAGACTACCCCCGTCGAGATCCTCTCTCTTGCCTTTGTCCCTCTCCCGTCGCCTCTCTGCCCAGACCTCCTACCCCTCGTTTCTCCCCCTTTCTCGTAACCACTCTCCCTCCCCCAAATCCAGAGCCTTAGGTCGTCGCCGCCACGCTTCGAAGCCCTACAAGGCAGGCCATTTCTCTGCCCCCGCACATCTCTTCATCTGCCA...
XM_057909632.1
CCTTCCCTTAATACGATTACATTTCCTCCCTTCCTCCCTAGAAGACTACCCCCGTCGAGATCCTCTCTCTTGCCTTTGTCCCTCTCCCGTCGCCTCTCTGCCCAGACCTCCTACCCCTCGTTTCTCCCCCTTTCTCGTAACCACTCTCCCTCCCCCAAATCCAGAGCCTTAGGTCGTCGCCGCCACGCTTCGAAGCCCTACAAGGCAGGCCATTTCTCTGCCCCCGCACATCTCTTCATCTGCCATCGCTCTCTCATCGT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130986276
ATGGAACAACGCCTCATCCCTTCACCCAGTGCGAAAACCGTTGTCCTCAATCACAACCAACCTATGAAAAACCTGCAAAGTTTCATCTTGAAACTCGCCCAAGCTCACCCAAACACGGCCTTGGATCCACCCACCGAAACCCTCCTCCGGGATCGCCTCGACCGCTTCGTTTCCGACTACAGAACCCCCGACCACCCCCCTTACTCTCATATGATAGAAGACGCTCTTAAGGAGTTGAATGAGAAAGCAGGCTCCACCAA...
LOC130986276
ATGGAACAACGCCTCATCCCTTCACCCAGTGCGAAAACCGTTGTCCTCAATCACAACCAACCTATGAAAAACCTGCAAAGTTTCATCTTGAAACTCGCCCAAGCTCACCCAAACACGGCCTTGGATCCACCCACCGAAACCCTCCTCCGGGATCGCCTCGACCGCTTCGTTTCCGACTACAGAACCCCCGACCACCCCCCTTACTCTCATATGATAGAAGACGCTCTTAAGGAGTTGAATGAGAAAGCAGGCTCCACCAA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057765615.1
MEQRLIPSPSAKTVVLNHNQPMKNLQSFILKLAQAHPNTALDPPTETLLRDRLDRFVSDYRTPDHPPYSHMIEDALKELNEKAGSTKKSISQYLEKKYDNLPGAHTVLLKHHLEKACKERQIKVTCTKKYRLAGSLNSGAKVKRKPQKSKWKWECERQKHHQLKIRLVKTRSDQRGEAINKCDEQEQPLTENGEDQTKSLHSNPSCVDGGEKNFHSNPSILYEEPLGMISEMKYSEEVRSQQKNGPSSVAEAVHQGMEHL...
XP_057765616.1
MEQRLIPSPSAKTVVLNHNQPMKNLQSFILKLAQAHPNTALDPPTETLLRDRLDRFVSDYRTPDHPPYSHMIEDALKELNEKAGSTKKSISQYLEKKYDNLPGAHTVLLKHHLEKACKERQIKVTCTKKYRLAGSLNSGAKVKRKPQKSKWKWECERQKHHQLKIRLVKTRSDQRGEAINKCDEQEQPLTENGEDQTKSLHSNPSCVDGGEKNFHSNPSILYEEPLGMISEMKYSEEVRSQQKNGPSSVAEAVHQGMEHL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器