Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001633`

染色体: Chr05 坐标: 15258696-15262149 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001633`
名称	SmilChr05G001633
描述	ABC transporter G family member 21
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	15258696 - 15262149 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986311`
GeneID	`130986311`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986311`
原始查询	`LOC130986311`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ABC transporter G family member 21
产物	ABC transporter G family member 21
Arabidopsis	`AT3G25620` (ABCG21) ABC-2 type transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822149] identity=66.1; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0167000` (OsABCG18) - identity=53; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG	smil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04981 (Folate transport and metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00005 (ABC_tran); PF01061 (ABC2_membrane); PF19055 (ABC2_membrane_7)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986311

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057765671.1`
2	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057765671.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.60000	`XP_057765671.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765671.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765671.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:15258902`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B71,B80,C62
`Chr5:15258911`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C13
`Chr5:15259040`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58
`Chr5:15259140`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	14	A14,A9,B123,B133,B135,B81,B87,C1,C17,C27,C5,C53,C64,C66
`Chr5:15259339`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C35
`Chr5:15259339`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C35
`Chr5:15259341`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr5:15259427`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B69,B74,B9,D11
`Chr5:15259986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B49
`Chr5:15261231`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58
`Chr5:15261349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:15261366`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765671.1

646 aa

323

646

ABC_tran

ABC2_membrane_7

ABC2_membrane

PF00005 ABC_tran 69-218 aa PF19055 ABC2_membrane_7 247-309 aa PF19055 ABC2_membrane_7 338-640 aa PF01061 ABC2_membrane 382-587 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765671.1`	Pfam	`PF00005`	ABC_tran	Domain	69	218	5e-27	95.9	ABC transporter
`XP_057765671.1`	Pfam	`PF19055`	ABC2_membrane_7	Family	247	309	2.1e-15	57.3	ABC-2 type transporter
`XP_057765671.1`	Pfam	`PF19055`	ABC2_membrane_7	Family	338	640	2.1e-15	57.3	ABC-2 type transporter
`XP_057765671.1`	Pfam	`PF01061`	ABC2_membrane	Domain	382	587	3.8e-45	154.7	ABC-2 type transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909688.1
ATAAATGAAATTGAAATCTAAGCCGCGGATTAGATTAATCTTTAGTTGTGGGTCTACAAAGAGATCGATTTTCATATGAAGCACGTCCTATATATCACAGTAGACATGTGACGTGTATGATGAGACTTTAGTAATAAATAGAAAAGGTGAAAAAGGCATTTGCTGGCTATAGTCTTAATTAATGAAGTTTACGAATGCAATCCATTTCCCCTTTAATTAATTACTTTATATATACCGCAATCCCCCATTTCACTTCCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986311
ATGATGCAAGAAAATAGTAGCATCCATTTAGGAGTGTCACCAACCAATCTGGCCGATGCCAATGTCAGCCCCTGTCCCGAGGGCGAGGATCAGGCGCCTCAGCCCGTCCGATTCTCGGTGCATCCTGTCACTCTTAAGTTCGAAGACGTGTGGTATTCGATAGAGATAGAGAGCAGGCAAGGGGGGATGAGCCGAACCATAGTGAGCGGCGTGAGCGGCACGGCCCGCCCCGGGGAGCTGCTGGCCATGCTCGGCCCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765671.1
MMQENSSIHLGVSPTNLADANVSPCPEGEDQAPQPVRFSVHPVTLKFEDVWYSIEIESRQGGMSRTIVSGVSGTARPGELLAMLGPSGSGKTTLLTALGGRLPGKITGSITYNGQALSSGMKRRTGFVAQDDALYPHLTVLETLTYAALLKLPSSLTRREKAEQAEMVAAELGLTRCGNSIIGGPLLRGISGGERKRVSIGQEMLVNPSLLLLDEPTSGLDSTTAHRIVATLRCLARGGRTVVTTIHQPSTRLFRMFHKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器