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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002744

染色体: Chr01 坐标: 45755305-45757162 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002744
名称SmilChr01G002744
描述1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向45755305 - 45757162 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986357
GeneID130986357
locus_tag-
NCBI NameLOC130986357
原始查询LOC130986357

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 1-like
产物1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 1-like
ArabidopsisAT2G19590 (ACO1)
ACC oxidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816478]
identity=62.2; qcov=0.97; evalue=5.71e-142; confidence=high
RiceOs01g0580500 (ACO7)
-
identity=51.8; qcov=1.02; evalue=1.79e-101; confidence=high
GO-
KEGGsmil00270 (Cysteine and methionine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986357

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765736.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057765736.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765736.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765736.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765736.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:45756075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:45756107 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr1:45756141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr1:45756176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B90
Chr1:45756398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B9
Chr1:45756406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B58,B61,C15,C8
Chr1:45756438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B84,C22
Chr1:45756574 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,B73
Chr1:45756601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr1:45756609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B37,B58,C8
Chr1:45756632 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B41
Chr1:45756632 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765736.1
310 aa
N
1
155
310
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 5-59 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 167-259 aa
XP_057765744.1
305 aa
N
1
152
305
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 5-59 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 162-254 aa
XP_057765752.1
305 aa
N
1
152
305
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 5-59 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 162-254 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765736.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 5 59 4.4e-15 57.1 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057765736.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 167 259 9e-28 97.3 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057765744.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 5 59 3.6e-15 57.4 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057765744.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 162 254 8.6e-28 97.3 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057765752.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 5 59 3.6e-15 57.4 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057765752.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 162 254 8.6e-28 97.3 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909761.1
AAAACATTTTAAATTTCTTCACAAATATACTCGACTTGAGTTTAGAAAAGATCCGAGAGTTAAAAGAATCAAAGACATGTCCCATAGTACTACAGAACTAATCTCCCACCATCTTACGAATCAAAATTCATCAGAAAACATATTATTGAACCAAATATTTGTATTTTATGATTGTTCAAATTAAACTCCATCAGCATTAGTCATGAAAGATGGTAAAAGTGCACCTAGTTTTGGAAAACAACTTAGAATTGAAGAAAAGG...
XM_057909769.1
AAAACATTTTAAATTTCTTCACAAATATACTCGACTTGAGTTTAGAAAAGATCCGAGAGTTAAAAGAATCAAAGACATGTCCCATAGTACTACAGAACTAATCTCCCACCATCTTACGAATCAAAATTCATCAGAAAACATATTATTGAACCAAATATTTGTATTTTATGATTGTTCAAATTAAACTCCATCAGCATTAGTCATGAAAGATGGTAAAAGTGCACCTAGTTTTGGAAAACAACTTAGAATTGAAGAAAAGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130986357
ATGGAGATGGAGATACCCGTGATCGATTTCAGCAAGCTCAAGAGCGAGAAGAGAGGCCAAACCATGGCGCTCCTGCACGAGGCTTGTCAGAAATGGGGATTTTTTATGATCGAGAATCACGACGTCGATACGGAGCTGATGGAGAAGGTGAAGGCGCTGACCAAGGCTCACTACGACCACTACATGAAGCCCGGCTTCCTCGACTCAGACGCCGCCAAGAGCCTCTCCGCCAACGAGTACGTTCCGGACATGGACTGGGA...
LOC130986357
ATGGAGATGGAGATACCCGTGATCGATTTCAGCAAGCTCAAGAGCGAGAAGAGAGGCCAAACCATGGCGCTCCTGCACGAGGCTTGTCAGAAATGGGGATTTTTTATGATCGAGAATCACGACGTCGATACGGAGCTGATGGAGAAGGTGAAGGCGCTGACCAAGGCTCACTACGACCACTACATGAAGCCCGGCTTCCTCGACTCAGACGCCGCCAAGAGCCTCTCCGCCAACGAGTACGTTCCGGACATGGACTGGGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057765736.1
MEMEIPVIDFSKLKSEKRGQTMALLHEACQKWGFFMIENHDVDTELMEKVKALTKAHYDHYMKPGFLDSDAAKSLSANEYVPDMDWESTFFICHRPDNTINDIAALSQHLRILLRRQSMDKYIDQVIALAEKLSELMCENLGISRAHMMEAFAGSRGPSVGTKVAMYPECPHPELMRGLREHTDAGGIILLLQDDQVPGLEFLKGGEWVKIPPSKNNRIFVNIGDQVEIVSNGVYKSAVHRVMAMKEGNRISVATFYNPG...
XP_057765744.1
MEMEIPVIDFSKLKSEKRGQTMALLHEACQKWGFFMIENHDVDTELMEKVKALTKAHYDHYMKPGFLDSDAAKSLSANEYVPDMDWESTFFICHRPDNTINDIAALSQHLRQSMDKYIDQVIALAEKLSELMCENLGISRAHMMEAFAGSRGPSVGTKVAMYPECPHPELMRGLREHTDAGGIILLLQDDQVPGLEFLKGGEWVKIPPSKNNRIFVNIGDQVEIVSNGVYKSAVHRVMAMKEGNRISVATFYNPGGDAVI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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