Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001747`

染色体: Chr05 坐标: 16976531-16979142 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001747`
名称	SmilChr05G001747
描述	LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.5
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	16976531 - 16979142 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986419`
GeneID	`130986419`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986419`
原始查询	`LOC130986419`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.5
产物	LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.5
Arabidopsis	`AT1G70250` (AT1G70250) receptor serine/threonine kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843361] identity=53.7; qcov=0.695; evalue=1.43e-128; confidence=high
Rice	`Os04g0177000` (OsRLCK132) - identity=54.5; qcov=0.671; evalue=1e-135; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986419

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057765810.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765810.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765810.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765810.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765810.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:16976712`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B140,C15,C47
`Chr5:16976775`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B12
`Chr5:16976789`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr5:16976825`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr5:16976890`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C36,C41
`Chr5:16976900`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr5:16977127`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B134,D7
`Chr5:16977127`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B134,D7
`Chr5:16977170`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,B46,C64
`Chr5:16977984`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B22,C37
`Chr5:16977993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B126,B53,C27,C57,C62
`Chr5:16978038`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B103,B22,B64,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765810.1

541 aa

270

541

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 233-510 aa PF00069 Pkinase 234-508 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765810.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	233	510	1.6e-43	149.6	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057765810.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	234	508	9.3e-46	157.1	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909827.1
AAGTTATCTTCTTGTGCTCAAAGCTGATTCGAAATGCCAAAAATCGTACCCCTGCAGAGATTTCTCCATCGAATTCCCCTTCACTGATATTACTCATTCCAAATGTGGATTATTCTCAGTCAACTGCAGTTTAGAACATCAAAATCCATTAATTTATCTACAAGAGCATCCGATGAATCTACTGGGGAAGGTATCGGATAACAAGCTCTTGATCCACGATTCCGTGCTACAAAACTACATCAATGGCAACAGCTGTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986419
ATGAATCTACTGGGGAAGGTATCGGATAACAAGCTCTTGATCCACGATTCCGTGCTACAAAACTACATCAATGGCAACAGCTGTCTCTTATTCTCAAACGTATCTCTACCAAAATCTCCTTTCGTTTCCTTCACATATTCCCCTAATATCACCTTCTTCAACTGCTACAATCCAAGCAAAGATGTCAGAGATTACTTCGTGCAGTACAAGAATAGGAGCTGTGATATATTGACCATTTACTATAAAGCTGAAGCCACTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765810.1
MNLLGKVSDNKLLIHDSVLQNYINGNSCLLFSNVSLPKSPFVSFTYSPNITFFNCYNPSKDVRDYFVQYKNRSCDILTIYYKAEATEEAPAHIDGVLPGSGCTVNQMPIRSNQVFPADVVKLLSPNFTLEWHVSQDCYECYYDRGGQCLTSENNEFYCKTNPGNRLQKILFIGGITITALTSFFIIIFVFIRRKRAKAKQEQNRDIELFLKNNGNLAPMRYKYSSIKKMTNSFTENLGRGGFGSVYKGQFPDGHLVAVKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器