Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001760`

染色体: Chr05 坐标: 17306111-17308162 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001760`
名称	SmilChr05G001760
描述	PR5-like receptor kinase
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	17306111 - 17308162 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986425`
GeneID	`130986425`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986425`
原始查询	`LOC130986425`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	PR5-like receptor kinase
产物	PR5-like receptor kinase
Arabidopsis	`AT1G70250` (AT1G70250) receptor serine/threonine kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843361] identity=54.8; qcov=0.974; evalue=1.82e-131; confidence=high
Rice	`Os04g0177000` (OsRLCK132) - identity=54.5; qcov=0.94; evalue=3.22e-137; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986425

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057765813.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765813.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765813.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765813.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765813.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:17306478`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	56	A13,A24,A3,A4,B100,B105,B107,B115,B121,B125,B126,B128,B133,B16,B20,B3,B32,B46,B48,B51,B52,B53,B61,B62,B65,B67,B7,B73,B77,B78,B79,B80,B81,B89,C11,C13,C16,C19,C25,C26,C3,C30,C42,C48,C49,C50,C55,C57,C62,C69,C77,C80,C86,C87,D1,D4
`Chr5:17307077`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr5:17307317`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A25
`Chr5:17307646`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B70
`Chr5:17308044`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C12,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765813.1

386 aa

193

386

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 78-355 aa PF00069 Pkinase 79-353 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765813.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	78	355	2.5e-44	152.2	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057765813.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	79	353	6.2e-47	160.9	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909830.1
TTTATAATAATATTTATAATTTTAATATATTTTATCGAGTAAACTATAGTGTGATTGTTCGATATGGTAACTGCAAACTTTACTCTACAATGGGATGTTTCTCAACAATGTCTTAATTGTTTCGATAGAGGAGGGCAGTGCCTTCTACTGCTGCAGTTCACTGGTAGGCCTCAACATTTGTATTTTTTACATGGTGTGGAAAGCGGTAGCAATCTGTTTATAGATCTTTAGTTACTTAGTACTATTAGCTAGGTTGATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986425
ATGTTGAATTTATTTGCAGGAAATAATAGACTTCAAAAGATCCTTTTCATAGGAGGTATCACCATAACCGCTTTTACATCCTCTTTGATAATTATATTCGTTTCAATTCGGAGGAAGCGTGCAAAGGTGAAACAAGAGCATGATAGAGACATTGAACTCTTTCTCAAGAACAATGGCAATCTTGCACCAATGAGATACAAATACTCTAGTATCAAGAAAATGACAAACTCATTTACTGAAAACTTGGGAAGAGGAGGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765813.1
MLNLFAGNNRLQKILFIGGITITAFTSSLIIIFVSIRRKRAKVKQEHDRDIELFLKNNGNLAPMRYKYSSIKKMTNSFTENLGRGGFGSVYKGHFPDGHLVAVKVLNESNENGEDFMNEVASISRTSHINIVTLLGFCFEGSKRALIYDFMPNGSLEKYICNNASSSAESRLEWDKLFEIALGIARGLEYLHQGCNTRILHLDIKPQNILLDKDMNPRISDFGLAKLCPNRSSIVSMMVARGTIGYIAPEVFSRNFGEVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器