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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001788

染色体: Chr05 坐标: 17603957-17607323 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001788
名称SmilChr05G001788
描述lipid phosphate phosphatase 2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向17603957 - 17607323 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986466
GeneID130986466
locus_tag-
NCBI NameLOC130986466
原始查询LOC130986466

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lipid phosphate phosphatase 2-like
产物lipid phosphate phosphatase 2-like
ArabidopsisAT1G15080 (LPP2)
lipid phosphate phosphatase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838072]
identity=75.9; qcov=0.997; evalue=1.72e-165; confidence=high
RiceOs09g0308900
-
identity=70; qcov=0.983; evalue=1.85e-152; confidence=high
GOGO:0006644 (phospholipid metabolic process); GO:0008195 (phosphatidate phosphatase activity)
KEGGsmil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01569 (PAP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986466

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057765870.1
2 Endosome 内体 0.80000 XP_057765870.1
3 Endosome membrane 内体膜 0.80000 XP_057765870.1
4 Lysosome membrane 溶酶体膜 0.60000 XP_057765870.1
5 Vesicle 囊泡 0.60000 XP_057765870.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:17605271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr5:17605534 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 8 A4,B126,B45,B56,B58,B65,B70,B96
Chr5:17606244 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,C55,D4
Chr5:17606480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B59,B69,B9,C56
Chr5:17607081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765867.1
293 aa
N
1
146
293
PAP2
C
PF01569 PAP2 100-245 aa
XP_057765868.1
293 aa
N
1
146
293
PAP2
C
PF01569 PAP2 100-245 aa
XP_057765869.1
293 aa
N
1
146
293
PAP2
C
PF01569 PAP2 100-245 aa
XP_057765870.1
292 aa
N
1
146
292
PAP2
C
PF01569 PAP2 100-245 aa
XP_057765871.1
292 aa
N
1
146
292
PAP2
C
PF01569 PAP2 100-245 aa
XP_057765872.1
292 aa
N
1
146
292
PAP2
C
PF01569 PAP2 100-245 aa
XP_057765873.1
292 aa
N
1
146
292
PAP2
C
PF01569 PAP2 100-245 aa
XP_057765874.1
292 aa
N
1
146
292
PAP2
C
PF01569 PAP2 100-245 aa
XP_057765875.1
292 aa
N
1
146
292
PAP2
C
PF01569 PAP2 100-245 aa
XP_057765876.1
292 aa
N
1
146
292
PAP2
C
PF01569 PAP2 100-245 aa
XP_057765877.1
292 aa
N
1
146
292
PAP2
C
PF01569 PAP2 100-245 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765867.1 Pfam PF01569 PAP2 Family 100 245 6.3e-31 107.5 PAP2 superfamily
XP_057765868.1 Pfam PF01569 PAP2 Family 100 245 6.3e-31 107.5 PAP2 superfamily
XP_057765869.1 Pfam PF01569 PAP2 Family 100 245 6.3e-31 107.5 PAP2 superfamily
XP_057765870.1 Pfam PF01569 PAP2 Family 100 245 6.2e-31 107.6 PAP2 superfamily
XP_057765871.1 Pfam PF01569 PAP2 Family 100 245 6.2e-31 107.6 PAP2 superfamily
XP_057765872.1 Pfam PF01569 PAP2 Family 100 245 6.2e-31 107.6 PAP2 superfamily
XP_057765873.1 Pfam PF01569 PAP2 Family 100 245 6.2e-31 107.6 PAP2 superfamily
XP_057765874.1 Pfam PF01569 PAP2 Family 100 245 6.2e-31 107.6 PAP2 superfamily
XP_057765875.1 Pfam PF01569 PAP2 Family 100 245 6.2e-31 107.6 PAP2 superfamily
XP_057765876.1 Pfam PF01569 PAP2 Family 100 245 6.2e-31 107.6 PAP2 superfamily
XP_057765877.1 Pfam PF01569 PAP2 Family 100 245 6.2e-31 107.6 PAP2 superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909890.1
GAAATGAGAAGCATATCAGTCTTTGAAAAATTAAAATTAATGCGTTTTAAAAAAATAAAATTACTGCTTTAACAAAATAGAAACACGTCCAATTTTCAAAGCGAGTTTAAATAATCAACAATTATCCCTTCGAAAGTCAGAATATCTGGACTTGCATTGGACTGGGAATTTATGCAGCAGATAGCACCTCAGCAGAGATTTGGTGAAGAAACTGCTCCGCGTATTTTCCTCCTTTTTTCTTGTTTCTCTCGAACGCGCAT...
XM_057909886.1
TAAATAATCAACAATTATCCCTTCGAAAGTCAGAATATCTGGACTTGCATTGGACTGGGAATTTATGCAGCAGATAGCACCTCAGCAGAGATTTGGTGAAGAAACTGCTCCGCGTATTTTCCTCCTTTTTTCTTGTTTCTCTCGAACGCGCATTGATACTGTGCCGCTCTTCTCAGAAAATTAAGGTGTCGGAGATGATTGAATATTTGTTGGAATCTGTGATGATTCTTCAGCTTTTCGCCGACGCCGTTCATACATGA...

CDS

11 records

下载 CDS FASTA
LOC130986466
ATGCCGGAGATTCAGTTAGGCGCTCACACATTAAGATCTCATGGTGCTCAAGTAGCCAGGTTTCACATGCATGATTGGCTTATACTTTTTCTGCTTGTGGGGATAGACATCATCCTCAATGTCATTGAACCATTTCACCGGTTTGTCGGTCAAGATATGATGACTGACCTGAAGTATCCCTTGAAAGATAACACCATACCCTTTTGGGCTGTTCCGATAGTTGGACTAATATTGCCTCTCACTGTCGTCCTTGTCTTCTA...
LOC130986466
ATGCCGGAGATTCAGTTAGGCGCTCACACATTAAGATCTCATGGTGCTCAAGTAGCCAGGTTTCACATGCATGATTGGCTTATACTTTTTCTGCTTGTGGGGATAGACATCATCCTCAATGTCATTGAACCATTTCACCGGTTTGTCGGTCAAGATATGATGACTGACCTGAAGTATCCCTTGAAAGATAACACCATACCCTTTTGGGCTGTTCCGATAGTTGGACTAATATTGCCTCTCACTGTCGTCCTTGTCTTCTA...

Protein

11 records

下载 Protein FASTA
XP_057765867.1
MPEIQLGAHTLRSHGAQVARFHMHDWLILFLLVGIDIILNVIEPFHRFVGQDMMTDLKYPLKDNTIPFWAVPIVGLILPLTVVLVFYFIRRNVYDLHHALLGLLFSVLITGVLTDAIKDAVGRPRPDFFWRCFPDGKTLFHNVTGNVQCTGSKSVIKEGHKSFPSGHTSWSFAGLGFLAWYLCGKIRVFDRRGHVAKLCLIFVPLLLAALVGVSRVDDYWHHWQDVFAGGLLGLTVASFCYLQFFPPPYDIDGTLLCTYF...
XP_057765868.1
MPEIQLGAHTLRSHGAQVARFHMHDWLILFLLVGIDIILNVIEPFHRFVGQDMMTDLKYPLKDNTIPFWAVPIVGLILPLTVVLVFYFIRRNVYDLHHALLGLLFSVLITGVLTDAIKDAVGRPRPDFFWRCFPDGKTLFHNVTGNVQCTGSKSVIKEGHKSFPSGHTSWSFAGLGFLAWYLCGKIRVFDRRGHVAKLCLIFVPLLLAALVGVSRVDDYWHHWQDVFAGGLLGLTVASFCYLQFFPPPYDIDGTLLCTYF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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