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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001780

染色体: Chr05 坐标: 17527514-17529315 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001780
名称SmilChr05G001780
描述uncharacterized protein C24B11.05
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向17527514 - 17529315 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986468
GeneID130986468
locus_tag-
NCBI NameLOC130986468
原始查询LOC130986468

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsHAD1; symbol=OsHAD1; hit=Os03g0834050; species=rice; confidence=high
产物OsHAD1; symbol=OsHAD1; hit=Os03g0834050; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT3G62040 (AT3G62040)
Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825377]
identity=71.2; qcov=0.867; evalue=4.24e-109; confidence=high
RiceOs03g0834050 (OsHAD1)
-
identity=63.7; qcov=1.07; evalue=1.9e-121; confidence=high
GO-
KEGGsmil00760 (Nicotinate and nicotinamide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00702 (Hydrolase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986468

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057765879.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057765879.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057765879.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765879.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765879.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:17527664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:17527719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,D9
Chr5:17528189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,A5,B101,B70,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765879.1
266 aa
N
1
133
266
Hydrolase
C
PF00702 Hydrolase 12-211 aa
XP_057765880.1
266 aa
N
1
133
266
Hydrolase
C
PF00702 Hydrolase 12-211 aa
XP_057765881.1
256 aa
N
1
128
256
Hydrolase
C
PF00702 Hydrolase 12-201 aa
XP_057765882.1
256 aa
N
1
128
256
Hydrolase
C
PF00702 Hydrolase 12-201 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765879.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 12 211 2.7e-12 48.2 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057765880.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 12 211 2.7e-12 48.2 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057765881.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 12 201 2.3e-12 48.5 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057765882.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 12 201 2.3e-12 48.5 haloacid dehalogenase-like hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909899.1
CTCCATTATCAAAACATGATCTCATTCTCCTCAATTATAAATATGTGATCATAATCCATTGTGCAATAAACTAAGAGCCTCTTTTCAAAAATCAAACTTAGTTCAAGGTTGTGATTTTAGTCTTACTGAAATGGAAGCTGGAAGGTCTAATGGTCCTAAATATGAGTGCTTGCTCTTCGATATGGATGACACTCTATACCCTTTGAGTTTGGGGATCAATATGGCTTGTCGCAAGAATATAGAAGAAAGTGAGGTCCCTA...
XM_057909896.1
CTCCATTATCAAAACATGATCTCATTCTCCTCAATTATAAATATGTGATCATAATCCATTGTGCAATAAACTAAGAGCCTCTTTTCAAAAATCAAACTTAGTTCAAGGTTGTGATTTTAGTCTTACTGAAATGGAAGCTGGAAGGTCTAATGGTCCTAAATATGAGTGCTTGCTCTTCGATATGGATGACACTCTATACCCTTTGAGTTTGGGGATCAATATGGCTTGTCGCAAGAATATAGAAGAGTATATGCTGCATC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130986468
ATGGAAGCTGGAAGGTCTAATGGTCCTAAATATGAGTGCTTGCTCTTCGATATGGATGACACTCTATACCCTTTGAGTTTGGGGATCAATATGGCTTGTCGCAAGAATATAGAAGAAAGTGAGGTCCCTAGGCTGTGCTTAGAGTTGTACAAAGACTATGGGACGACAATGGCTGGCCTCAAGGTGATGGGGTACGAATTTGACAATGATGAGTTTCATGCTTATGTTCATGGAAGGTTGCCGTATGAGTTGCTACAGCC...
LOC130986468
ATGGAAGCTGGAAGGTCTAATGGTCCTAAATATGAGTGCTTGCTCTTCGATATGGATGACACTCTATACCCTTTGAGTTTGGGGATCAATATGGCTTGTCGCAAGAATATAGAAGAAAGTGAGGTCCCTAGGCTGTGCTTAGAGTTGTACAAAGACTATGGGACGACAATGGCTGGCCTCAAGGTGATGGGGTACGAATTTGACAATGATGAGTTTCATGCTTATGTTCATGGAAGGTTGCCGTATGAGTTGCTACAGCC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057765879.1
MEAGRSNGPKYECLLFDMDDTLYPLSLGINMACRKNIEEYMLHHMHIEESEVPRLCLELYKDYGTTMAGLKVMGYEFDNDEFHAYVHGRLPYELLQPDPVLRNLLHSMPQHKIIFTNADKAHVAQVLSRMGLEDCFHGVICFETLNPPLKSMDGTVEAQMSNGNLSRKTQILCKPSVEAMEAAIRIANVDPNKTIFFDDSIRNIVSGKAAGLHTVVVGRSTLVPGADHALNSIHNIKEALPEIWEDEVEHLEQIIQSSAV...
XP_057765880.1
MEAGRSNGPKYECLLFDMDDTLYPLSLGINMACRKNIEEYMLHHMHIEESEVPRLCLELYKDYGTTMAGLKVMGYEFDNDEFHAYVHGRLPYELLQPDPVLRNLLHSMPQHKIIFTNADKAHVAQVLSRMGLEDCFHGVICFETLNPPLKSMDGTVEAQMSNGNLSRKTQILCKPSVEAMEAAIRIANVDPNKTIFFDDSIRNIVSGKAAGLHTVVVGRSTLVPGADHALNSIHNIKEALPEIWEDEVEHLEQIIQSSAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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