当前解析结果
SmilChr05G001797| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001797 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001797 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G001797 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 17715703 - 17719645 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986469 |
|---|---|
| GeneID | 130986469 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986469 |
| 原始查询 | LOC130986469 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831164]; symbol=AT5G13240; hit=AT5G13240; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | transcription regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831164]; symbol=AT5G13240; hit=AT5G13240; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G13240 (AT5G13240)transcription regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831164] identity=70.7; qcov=1; evalue=1.36e-116; confidence=high |
| Rice | Os04g0662900- identity=62.3; qcov=0.991; evalue=6.43e-89; confidence=high |
| GO | GO:0000994 (RNA polymerase III core binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0016480 (negative regulation of transcription by RNA polymerase III) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF09174 (Maf1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986469 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057765883.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057765883.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057765883.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057765883.1 |
| 5 | Cell projection | 细胞突起 | 0.20000 | XP_057765883.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:17716392 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B49 |
Chr5:17716392 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr5:17718382 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A19,B17,B41 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765883.1PF09174
Maf1 26-193 aa
XP_057765884.1PF09174
Maf1 26-193 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765883.1 |
Pfam | PF09174 |
Maf1 | Family | 26 | 193 | 1.7e-49 | 169.0 | Maf1 regulator |
XP_057765884.1 |
Pfam | PF09174 |
Maf1 | Family | 26 | 193 | 1.7e-49 | 169.0 | Maf1 regulator |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。