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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002756`

染色体: Chr01 坐标: 45889575-45897796 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002756`
名称	SmilChr01G002756
描述	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH10-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	45889575 - 45897796 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986473`
GeneID	`130986473`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986473`
原始查询	`LOC130986473`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH10-like
产物	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH10-like
Arabidopsis	`AT2G06990` (HEN2) RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815269] identity=80; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0176200` (OsDSHCT) - identity=78.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000460 (maturation of 5.8S rRNA); GO:0003723 (RNA binding); GO:0003724 (RNA helicase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006401 (RNA catabolic process)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00270 (DEAD); PF00271 (Helicase_C); PF04851 (ResIII); PF08148 (DSHCT); PF13234 (MTR4_beta-barrel); PF21408 (MTR4-like_stalk); PF22527 (DEXQc_Suv3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986473

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765888.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057765888.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057765888.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057765888.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765888.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:45891888`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr1:45892515`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr1:45893542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr1:45894592`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,C30
`Chr1:45895505`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D3
`Chr1:45895505`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765888.1

996 aa

498

996

DEAD

ResIII

DEXQc_Suv3

Helicase_C

MTR4-like_stalk

MTR4_beta-barrel

DSHCT

PF00270 DEAD 80-228 aa PF04851 ResIII 90-224 aa PF22527 DEXQc_Suv3 100-211 aa PF00271 Helicase_C 379-474 aa PF21408 MTR4-like_stalk 530-593 aa PF13234 MTR4_beta-barrel 594-794 aa PF08148 DSHCT 820-991 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765888.1`	Pfam	`PF00270`	DEAD	Domain	80	228	2.6e-26	93.0	DEAD/DEAH box helicase
`XP_057765888.1`	Pfam	`PF04851`	ResIII	Family	90	224	1.2e-05	25.9	Type III restriction enzyme, res subunit
`XP_057765888.1`	Pfam	`PF22527`	DEXQc_Suv3	Domain	100	211	8.6e-09	35.8	DEXQ-box helicase domain of Suv3
`XP_057765888.1`	Pfam	`PF00271`	Helicase_C	Domain	379	474	3.8e-09	37.5	Helicase conserved C-terminal domain
`XP_057765888.1`	Pfam	`PF21408`	MTR4-like_stalk	Domain	530	593	1.4e-17	64.4	Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk
`XP_057765888.1`	Pfam	`PF13234`	MTR4_beta-barrel	Domain	594	794	7.2e-58	196.9	Mtr4-like, beta-barrel domain
`XP_057765888.1`	Pfam	`PF08148`	DSHCT	Domain	820	991	4.3e-55	186.9	DSHCT (NUC185) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909905.1
ATTATTTAGATTAGATAAAACACCCATCATTCTTCTTAAACCCTAATTCCCCTTCTCCCTTCTCTGCATCTCCAATTCCAGAGTTTGGGGACACAACAACAGATTCAAGAAAAGATAAGTGGCGATACTAGTATAAGCTGGGAGAAGTAAAATTTGTGGATCTGTTTTTAGCAAGTTGAACTTTAAGTAGCAACAGATGGACGGTTCTCCTACATCCATTAAAAGGAAACAACCAGAAGAGGGTTCACAAGAACAACAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986473
ATGGACGGTTCTCCTACATCCATTAAAAGGAAACAACCAGAAGAGGGTTCACAAGAACAACAGGAAAACCAGGTGCAAGACTCTGCCTCTAAGAGGCGTAGCTTATCTAGGACTTGCGTGCATGAGGTGGCAGTGCCAAGTGGATATGTTTCAACCAAGGATGAATCAATTCATGGCACCCTTGCAGATCCCATATATAACGGGGAGCGAGCTAAGACCTACCCATTCAAGCTTGATCCTTTTCAGGAGGTTTCTGTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765888.1
MDGSPTSIKRKQPEEGSQEQQENQVQDSASKRRSLSRTCVHEVAVPSGYVSTKDESIHGTLADPIYNGERAKTYPFKLDPFQEVSVSCLERNESVLVSAHTSAGKTAVAEYAIAMAFKEKQRVIYTSPLKALSNQKYRELSQEFSDVGLMTGDVTLSPNASCLVMTTEILRGMLYRGSEVLKEVAWVIFDEIHYMKDRERGVVWEESIVFLPPAIKMVFLSATMSNATEFAEWICNIHKQPCHVVYTDFRPTPLQHYVFP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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