当前解析结果
SmilChr05G001804| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001804 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001804 |
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 37-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 17819554 - 17821840 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986477 |
|---|---|
| GeneID | 130986477 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986477 |
| 原始查询 | LOC130986477 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 37-like |
| 产物 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 37-like |
| Arabidopsis | AT1G23000 (AT1G23000)Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838908] identity=77.3; qcov=0.304; evalue=6.45e-40; confidence=low |
| Rice | Os01g0125600 (P0044F08.14)- identity=68.5; qcov=0.308; evalue=3.22e-36; confidence=low |
| GO | GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00403 (HMA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986477 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057765889.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057765889.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057765889.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057765889.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765889.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:17821215 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B134,D7 |
Chr5:17821294 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B75,C20 |
Chr5:17821314 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B130,B134,C33,D7 |
Chr5:17821497 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A19,B17,B41 |
Chr5:17821515 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B130,C33 |
Chr5:17821594 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B87,C22,D9 |
Chr5:17821638 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765889.1PF00403
HMA 16-73 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765889.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 16 | 73 | 8.8e-16 | 58.8 | Heavy-metal-associated domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。