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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001830

染色体: Chr05 坐标: 18340705-18341505 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001830
名称SmilChr05G001830
描述10 kDa chaperonin, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向18340705 - 18341505 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986501
GeneID130986501
locus_tag-
NCBI NameLOC130986501
原始查询LOC130986501

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述10 kDa chaperonin, mitochondrial-like
产物10 kDa chaperonin%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G23100 (AT1G23100)
GroES-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838918]
identity=80.4; qcov=1; evalue=2.29e-54; confidence=high
RiceOs07g0641700 (P0524G08.116)
-
identity=71.4; qcov=1.01; evalue=4.62e-43; confidence=medium
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005759 (mitochondrial matrix); GO:0044183 (protein folding chaperone); GO:0046872 (metal ion binding); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG-
PfamPF00166 (Cpn10)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986501

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057765914.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057765914.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057765914.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057765914.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765914.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:18340997 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr5:18341119 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B30
Chr5:18341119 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765914.1
97 aa
N
1
48
97
Cpn10
C
PF00166 Cpn10 5-94 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765914.1 Pfam PF00166 Cpn10 Domain 5 94 6.1e-25 87.8 Chaperonin 10 Kd subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909931.1
TTGATTTAGAGTTGCCAGATTGTTTACTTCAACATCAGACGGCCCAAGCTGAGATAAGTTGCCCATTCTAAAATTGGTAAAACCCTTAGAAAAACCCTAGAGATTGAAACACCCGAAGCCTAGAACCTTCTACTCTGTCTCTCATATTTCATCACCATTTTCCAAATCAACTCTCTGCAGCTTCTTGTTGAATTTCATCAATCGAAATGGCGAAACGCTTAATCCCAACCCTGAACAGAGTGCTGGTGGAGAAATTAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986501
ATGGCGAAACGCTTAATCCCAACCCTGAACAGAGTGCTGGTGGAGAAATTAGTGCCCCCTTCCAAAACCGCAGCTGGGATTCTCCTCCCGGAGAAATCGTCCAAGCTGAACTCTGGCAAAGTGATTGCAGTCGGACCAGGGGGCCGCGACGTCGCCGGTAATCGTATTCCCATAGCCGTGAAGGAAGGCGACGAGGTTCTGTTACCTGAGTATGGTGGGACGCAAATCAAATTAGGCGAAAAAGAGTACCATTTGTACAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765914.1
MAKRLIPTLNRVLVEKLVPPSKTAAGILLPEKSSKLNSGKVIAVGPGGRDVAGNRIPIAVKEGDEVLLPEYGGTQIKLGEKEYHLYRDEDILGTLHD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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