当前解析结果
SmilChr05G001830| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001830 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001830 |
| 描述 | 10 kDa chaperonin, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 18340705 - 18341505 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986501 |
|---|---|
| GeneID | 130986501 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986501 |
| 原始查询 | LOC130986501 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 10 kDa chaperonin, mitochondrial-like |
| 产物 | 10 kDa chaperonin%2C mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT1G23100 (AT1G23100)GroES-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838918] identity=80.4; qcov=1; evalue=2.29e-54; confidence=high |
| Rice | Os07g0641700 (P0524G08.116)- identity=71.4; qcov=1.01; evalue=4.62e-43; confidence=medium |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0005759 (mitochondrial matrix); GO:0044183 (protein folding chaperone); GO:0046872 (metal ion binding); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00166 (Cpn10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986501 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057765914.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057765914.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.40000 | XP_057765914.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057765914.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765914.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:18340997 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B74 |
Chr5:18341119 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B30 |
Chr5:18341119 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B30 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765914.1PF00166
Cpn10 5-94 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765914.1 |
Pfam | PF00166 |
Cpn10 | Domain | 5 | 94 | 6.1e-25 | 87.8 | Chaperonin 10 Kd subunit |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。