Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002763

染色体: Chr01 坐标: 46032887-46037175 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002763
名称SmilChr01G002763
描述CRM-domain containing factor CFM3, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向46032887 - 46037175 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986516
GeneID130986516
locus_tag-
NCBI NameLOC130986516
原始查询LOC130986516

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CRM-domain containing factor CFM3, chloroplastic/mitochondrial
产物CRM-domain containing factor CFM3%2C chloroplastic/mitochondrial
ArabidopsisAT4G29750 (AT4G29750)
CRS1 / YhbY (CRM) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829097]
identity=58.2; qcov=0.67; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0363100 (AL2)
-
identity=56.4; qcov=0.712; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000375 (RNA splicing, via transesterification reactions); GO:0003729 (mRNA binding)
KEGG-
PfamPF01985 (CRS1_YhbY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986516

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057765932.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057765932.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765932.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765932.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765932.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:46032996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,C14,C74
Chr1:46033054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:46033076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,C14,C74
Chr1:46033155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:46033319 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B34,C29
Chr1:46033319 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 B34,C29
Chr1:46033475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B9,B93,C47,C85,D4
Chr1:46033485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C29
Chr1:46034360 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C39
Chr1:46034424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C39
Chr1:46034494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,C33,C40
Chr1:46034502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,C14,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765932.1
869 aa
N
1
434
869
CRS1_YhbY
CRS1_YhbY
CRS1_YhbY
C
PF01985 CRS1_YhbY 282-363 aa PF01985 CRS1_YhbY 478-562 aa PF01985 CRS1_YhbY 691-778 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765932.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 282 363 4.2e-58 194.4 CRS1 / YhbY (CRM) domain
XP_057765932.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 478 562 4.2e-58 194.4 CRS1 / YhbY (CRM) domain
XP_057765932.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 691 778 4.2e-58 194.4 CRS1 / YhbY (CRM) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089295.1
GCAATATTGTCCTCCGCTGGTTTTAAAACTTGCAAAACCTCAAAAACCTCATCGCCATGGCGTTTTCATCACTGCCATCCAACTTCTTATCCCCTCCTTCAGACCCTTCTCCCTCACAGTCTCTCTTCTTTCTTTTATATAACCCAAAACCCCATTCTTCGAGTAGAGCTGGAAAACTCAAAATTTCTTGCTGTCAGCTGACAGTTCAATTTGACAACGAACCCAATCTGTTGAAGACCAAGAAGAGGAAGCCCAGGCCA...
XM_057909949.1
CCCAGAGAAATTAATATCGCAATATTGTCCTCCGCTGGTTTTAAAACTTGCAAAACCTCAAAAACCTCATCGCCATGGCGTTTTCATCACTGCCATCCAACTTCTTATCCCCTCCTTCAGACCCTTCTCCCTCACAGTCTCTCTTCTTTCTTTTATATAACCCAAAACCCCATTCTTCGAGTAGAGCTGGAAAACTCAAAATTTCTTGCTGTCAGCTGACAGTTCAATTTGACAACGAACCCAATCTGTTGAAGACCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986516
ATGGCGTTTTCATCACTGCCATCCAACTTCTTATCCCCTCCTTCAGACCCTTCTCCCTCACAGTCTCTCTTCTTTCTTTTATATAACCCAAAACCCCATTCTTCGAGTAGAGCTGGAAAACTCAAAATTTCTTGCTGTCAGCTGACAGTTCAATTTGACAACGAACCCAATCTGTTGAAGACCAAGAAGAGGAAGCCCAGGCCAAGTTTTCTCGAGCAAGTTCACAAAAAATGGTCCCAAAAGATGCCTTCTTTACGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765932.1
MAFSSLPSNFLSPPSDPSPSQSLFFLLYNPKPHSSSRAGKLKISCCQLTVQFDNEPNLLKTKKRKPRPSFLEQVHKKWSQKMPSLRENFPWQEQEIGETNQEFPQLSPNVSSVEEPDKSSRASDPVRAHVEIKSNSAPWAHGSGKRKVFISDGSRSSAENVGKGTNVVYERPRNEEYLDSAVTSSDNSVKDVMIEGESERKFREFDEAPIGLPPKIENLDAVSASVMEDPPAVCRNAGSIKSSAGGGDLNKLPWKRMNSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器