当前解析结果
SmilChr05G001850| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001850 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001850 |
| 描述 | NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 18535521 - 18536611 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986522 |
|---|---|
| GeneID | 130986522 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986522 |
| 原始查询 | LOC130986522 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic |
| 产物 | NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT1G70760 (NdhL)inorganic carbon transport protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843413] identity=52.4; qcov=1.04; evalue=5.09e-60; confidence=high |
| Rice | Os05g0348100- identity=67.2; qcov=0.376; evalue=1.29e-28; confidence=low |
| GO | GO:0016655 (oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10716 (NdhL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986522 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057765935.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057765935.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 1.00000 | XP_057765935.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765935.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765935.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:18536322 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr5:18536407 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B16,C14,C73,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765935.1PF10716
NdhL 73-145 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765935.1 |
Pfam | PF10716 |
NdhL | Family | 73 | 145 | 4.7e-31 | 107.3 | NADH dehydrogenase transmembrane subunit |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。