当前解析结果
SmilChr05G001869| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001869 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001869 |
| 描述 | protein TUNICAMYCIN INDUCED 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 18842474 - 18847825 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986535 |
|---|---|
| GeneID | 130986535 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986535 |
| 原始查询 | LOC130986535 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein TUNICAMYCIN INDUCED 1 |
| 产物 | protein TUNICAMYCIN INDUCED 1 |
| Arabidopsis | AT1G47310 (AT1G47310)signal peptidase I [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841134] identity=35.2; qcov=0.974; evalue=4.24e-49; confidence=medium |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28340 (TIN1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986535 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057765950.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.60000 | XP_057765950.1 |
| 3 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.40000 | XP_057765950.1 |
| 4 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.20000 | XP_057765950.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765950.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:18842951 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B79 |
Chr5:18843040 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
Chr5:18843295 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,B101,B70 |
Chr5:18843361 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr5:18843413 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr5:18846977 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C61,C74,D11 |
Chr5:18847532 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B128 |
Chr5:18847568 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B75,C20 |
Chr5:18847627 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B94 |
Chr5:18847627 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr5:18847644 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765950.1PF28340
TIN1 87-398 aa
XP_057765951.1PF28340
TIN1 87-266 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765950.1 |
Pfam | PF28340 |
TIN1 | Family | 87 | 398 | 7e-59 | 200.7 | TIN1 |
XP_057765951.1 |
Pfam | PF28340 |
TIN1 | Family | 87 | 266 | 1.1e-29 | 104.7 | TIN1 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。