当前解析结果
SmilChr05G001872| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001872 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001872 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G001872 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 18891763 - 18895848 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986537 |
|---|---|
| GeneID | 130986537 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986537 |
| 原始查询 | LOC130986537 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | seven transmembrane domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841173]; symbol=AT1G47640; hit=AT1G47640; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | seven transmembrane domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841173]; symbol=AT1G47640; hit=AT1G47640; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G47640 (AT1G47640)seven transmembrane domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841173] identity=88.1; qcov=0.996; evalue=2.89e-150; confidence=high |
| Rice | Os03g0766000- identity=85.8; qcov=0.991; evalue=7.91e-148; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF09767 (DUF2053) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986537 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057765953.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057765953.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057765953.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765953.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765953.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:18891998 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr5:18892042 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:18892289 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,C11,C45,C69 |
Chr5:18892451 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B83,C10,C52,C8 |
Chr5:18894935 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
Chr5:18895579 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765953.1PF09767
DUF2053 2-161 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765953.1 |
Pfam | PF09767 |
DUF2053 | Family | 2 | 161 | 6.4e-60 | 202.7 | Predicted membrane protein (DUF2053) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。