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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001873

染色体: Chr05 坐标: 18911688-18916452 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001873
名称SmilChr05G001873
描述inactive protein kinase SELMODRAFT_444075-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向18911688 - 18916452 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986539
GeneID130986539
locus_tag-
NCBI NameLOC130986539
原始查询LOC130986539

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inactive protein kinase SELMODRAFT_444075-like
产物inactive protein kinase SELMODRAFT_444075-like
ArabidopsisAT5G56790 (AT5G56790)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835781]
identity=44.4; qcov=0.991; evalue=1.37e-130; confidence=medium
RiceOs01g0602800 (OsRLCK42)
-
identity=42.9; qcov=1.03; evalue=3.74e-130; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986539

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057765954.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057765954.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057765960.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765954.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765954.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:18911968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr5:18913286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,C14
Chr5:18914016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,C11,C45,C69
Chr5:18914126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr5:18914281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B78,C50
Chr5:18914320 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B23,B35,C71,C85
Chr5:18914731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B35
Chr5:18915045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:18915505 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,A4,B17,B41,B8
Chr5:18915844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:18916177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765954.1
678 aa
N
1
339
678
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 374-575 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 374-588 aa
XP_057765955.1
676 aa
N
1
338
676
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 374-573 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 374-586 aa
XP_057765956.1
590 aa
N
1
295
590
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 286-488 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 286-500 aa
XP_057765957.1
588 aa
N
1
294
588
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 286-486 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 286-498 aa
XP_057765958.1
579 aa
N
1
290
579
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 275-477 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 275-489 aa
XP_057765960.1
555 aa
N
1
278
555
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 251-453 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 251-465 aa
XP_057765961.1
555 aa
N
1
278
555
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 251-453 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 251-465 aa
XP_057765962.1
555 aa
N
1
278
555
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 251-453 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 251-465 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765954.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 374 575 1.7e-32 113.6 Protein kinase domain
XP_057765954.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 374 588 2.2e-36 126.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765955.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 374 573 5.1e-33 115.3 Protein kinase domain
XP_057765955.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 374 586 4.9e-37 128.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765956.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 286 488 1.2e-32 114.0 Protein kinase domain
XP_057765956.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 286 500 1.6e-36 126.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765957.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 286 486 3.8e-33 115.7 Protein kinase domain
XP_057765957.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 286 498 3.5e-37 128.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765958.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 275 477 1.2e-32 114.1 Protein kinase domain
XP_057765958.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 275 489 1.5e-36 126.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765960.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 251 453 1.1e-32 114.2 Protein kinase domain
XP_057765960.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 251 465 1.5e-36 126.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765961.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 251 453 1.1e-32 114.2 Protein kinase domain
XP_057765961.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 251 465 1.5e-36 126.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765962.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 251 453 1.1e-32 114.2 Protein kinase domain
XP_057765962.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 251 465 1.5e-36 126.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909971.1
TAATTGAACTCTAATTCCAATCACATACACATCGATTTTCCCATTTAGCAGTAACGCTTTTTCAAAATCTCCAAACGCGCCCTTAATCCGCCACTGTCTTCACGGCCAACCGGCGCTTGATGTTCCCGCCAAAGCCAGGACGAACCTGTCTGCTCGGCGGCGACGCGGCGGCGAAGGTTATCGTGGCCGTTAAAGCAGACAAAGTCATCTCTAAAACCGCCTTTGCTTGGGCTGTCGACCACGCGGCCGCCCCAGGCGAC...
XM_057909972.1
TAATTGAACTCTAATTCCAATCACATACACATCGATTTTCCCATTTAGCAGTAACGCTTTTTCAAAATCTCCAAACGCGCCCTTAATCCGCCACTGTCTTCACGGCCAACCGGCGCTTGATGTTCCCGCCAAAGCCAGGACGAACCTGTCTGCTCGGCGGCGACGCGGCGGCGAAGGTTATCGTGGCCGTTAAAGCAGACAAAGTCATCTCTAAAACCGCCTTTGCTTGGGCTGTCGACCACGCGGCCGCCCCAGGCGAC...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130986539
ATGTTCCCGCCAAAGCCAGGACGAACCTGTCTGCTCGGCGGCGACGCGGCGGCGAAGGTTATCGTGGCCGTTAAAGCAGACAAAGTCATCTCTAAAACCGCCTTTGCTTGGGCTGTCGACCACGCGGCCGCCCCAGGCGACTGCATTACGCTTCTCGCCATCTTCTCCGACAGCAAAATTGGCGGGAGGAGATTTTGGGGAATTCCTCGGTTGAAAGGAAGCTCTCGAAGTTACCAACCGGATCGCCTTCGTCAGATTGC...
LOC130986539
ATGTTCCCGCCAAAGCCAGGACGAACCTGTCTGCTCGGCGGCGACGCGGCGGCGAAGGTTATCGTGGCCGTTAAAGCAGACAAAGTCATCTCTAAAACCGCCTTTGCTTGGGCTGTCGACCACGCGGCCGCCCCAGGCGACTGCATTACGCTTCTCGCCATCTTCTCCGACAGCAAAATTGGCGGGAGGAGATTTTGGGGAATTCCTCGGTTGAAAGGAAGCTCTCGAAGTTACCAACCGGATCGCCTTCGTCAGATTGC...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057765954.1
MFPPKPGRTCLLGGDAAAKVIVAVKADKVISKTAFAWAVDHAAAPGDCITLLAIFSDSKIGGRRFWGIPRLKGSSRSYQPDRLRQIAETCSQMVLQVRDRIEVRVQIKIVSAMCTGAVAAEAKSNAANWVILDKQLKQEIKHCVDELRCNIVVMKNSQPNVLRLNLTSPNDLQTPFYTAASFPIRDSKKLQSPNVKDMARVSSREDPNASSSRMSTKNILSTPDTASSVYVVCENNPLYQGLSKGNYPPDRLITLGAESE...
XP_057765955.1
MFPPKPGRTCLLGGDAAAKVIVAVKADKVISKTAFAWAVDHAAAPGDCITLLAIFSDSKIGGRRFWGIPRLKGSSRSYQPDRLRQIAETCSQMVLQVRDRIEVRVQIKIVSAMCTGAVAAEAKSNAANWVILDKQLKQEIKHCVDELRCNIVVMKNSQPNVLRLNLTSPNDLQTPFYTAASFPIRDSKKLQSPNVKDMARVSSREDPNASSSRMSTKNILSTPDTASSVYVVCENNPLYQGLSKGNYPPDRLITLGAESE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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