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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001877`

染色体: Chr05 坐标: 19026267-19027913 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001877`
名称	SmilChr05G001877
描述	uncharacterized SmilChr05G001877
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	19026267 - 19027913 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986542`
GeneID	`130986542`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986542`
原始查询	`LOC130986542`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G21280` (AT1G21280) Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724] identity=34.2; qcov=0.575; evalue=1.88e-40; confidence=low
Rice	`Os01g0909600` - identity=25.8; qcov=0.321; evalue=8.62e-08; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14244 (Retrotran_gag_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986542

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057765965.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057765965.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765965.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765965.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765965.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:19026914`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr5:19027042`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,C46,C5
`Chr5:19027101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr5:19027134`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	24	A9,B1,B101,B102,B127,B129,B137,B22,B26,B27,B30,B47,B51,B57,B61,B77,B80,C35,C49,C56,C58,C59,C67,C77
`Chr5:19027158`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	A2,A5,A7,B24,B79,C60
`Chr5:19027442`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,B41,B50,B61,B66
`Chr5:19027443`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B63,B86,B9,B93,C24,C50,C75,D8
`Chr5:19027453`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B23,B81,C46
`Chr5:19027480`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,D8
`Chr5:19027497`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr5:19027547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:19027582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	A8,B114,B25,B52,B88,B9,B92,C37,C41,C54,C8,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765965.1

386 aa

193

386

Retrotran_gag_3

PF14244 Retrotran_gag_3 24-69 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765965.1`	Pfam	`PF14244`	Retrotran_gag_3	Domain	24	69	9.4e-18	64.5	Gag-polypeptide of LTR copia-type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909982.1
AGTTTCTTTTCCACTTTTCGGTTCTAGCTTTTTCTTACTTTTCCAACATGGTATCCAGAGCATAAACCTTCCGCTGTTTTCCGATCTGTTTTCCGATGGCCCCTAAGCCGCAATTTCCTCCTGTTCCACCACATGAAGATCAGTCCAGCCCCTATTATTTGTCCAGCAGTGACAATCCTGGTGTGCAGCTGGTCACACAACAACTCAACGGATCCAATTATGTGAATTGGAATCGCTCCATGATGACGGCACTAATGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986542
ATGGCCCCTAAGCCGCAATTTCCTCCTGTTCCACCACATGAAGATCAGTCCAGCCCCTATTATTTGTCCAGCAGTGACAATCCTGGTGTGCAGCTGGTCACACAACAACTCAACGGATCCAATTATGTGAATTGGAATCGCTCCATGATGACGGCACTAATGGCGAAGAACAAACTTGCGTTTGTTGATGGTACCATCGATCGACCGCATCCGACTGAAGCGATCTATTCTCAGTGGCTCCGATGCAATAGCATGGTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765965.1
MAPKPQFPPVPPHEDQSSPYYLSSSDNPGVQLVTQQLNGSNYVNWNRSMMTALMAKNKLAFVDGTIDRPHPTEAIYSQWLRCNSMVVSWLRNSVVPDISSSLMYLDDASLIWNDLKDRFAQGNVARVYQLKQQLLTLKQGSDDVGAYYTKLSILWDEYKDFQPSRWCTCDTCRCHSSRKWCEFQMQECSMQFLIGLSSVYSQIRSQIISSLPFPSLSKIFALVLQEERQRSIDSVSTPAPPIISEMLGSIINAAGIGRGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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