当前解析结果
SmilChr05G001898| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001898 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001898 |
| 描述 | GDP-mannose transporter GONST3 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 19274160 - 19276814 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986565 |
|---|---|
| GeneID | 130986565 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986565 |
| 原始查询 | LOC130986565 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDP-mannose transporter GONST3 |
| 产物 | GDP-mannose transporter GONST3 |
| Arabidopsis | AT1G76340 (GONST3)golgi nucleotide sugar transporter 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843966] identity=79.2; qcov=0.951; evalue=0.0; confidence=high |
| Rice | Os03g0215000- identity=71.74; qcov=0.984; evalue=0.0; confidence=high |
| GO | GO:0005457 (GDP-fucose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03151 (TPT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986565 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057765990.1 |
| 2 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.40000 | XP_057765990.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:19274714 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr5:19274765 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr5:19274878 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:19274888 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C24 |
Chr5:19274963 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr5:19275113 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr5:19275350 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr5:19275450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A15,B108,B22,B56,B96 |
Chr5:19275472 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,B37 |
Chr5:19275479 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,B33,B68,C48,C9 |
Chr5:19275552 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B70,B94,C28 |
Chr5:19275678 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765990.1PF03151
TPT 45-320 aa
XP_057765991.1PF03151
TPT 45-320 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765990.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 45 | 320 | 3.4e-16 | 60.2 | Triose-phosphate Transporter family |
XP_057765991.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 45 | 320 | 3.4e-16 | 60.2 | Triose-phosphate Transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。