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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001926

染色体: Chr05 坐标: 19528881-19537029 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001926
名称SmilChr05G001926
描述auxilin-like protein 1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向19528881 - 19537029 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986576
GeneID130986576
locus_tag-
NCBI NameLOC130986576
原始查询LOC130986576

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxilin-like protein 1
产物auxilin-like protein 1
ArabidopsisAT1G75310 (AUL1)
auxin-like 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843868]
identity=58; qcov=0.186; evalue=3.42e-85; confidence=weak
RiceOs05g0579900 (OsDjC52)
-
identity=61; qcov=0.187; evalue=8.52e-90; confidence=weak
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0030276 (clathrin binding); GO:0031982 (vesicle); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle); GO:0072318 (clathrin coat disassembly); GO:0072583 (clathrin-dependent endocytosis)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986576

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057765999.1
2 Cytoskeleton 细胞骨架 0.40000 XP_057765999.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057765999.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765999.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765999.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:19529501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B83,C10,C52
Chr5:19530694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:19531344 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C45
Chr5:19531620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr5:19531732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B55,D7
Chr5:19531757 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C3
Chr5:19531757 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C3
Chr5:19531904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr5:19532081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr5:19532102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr5:19532250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B42
Chr5:19532319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B140,B22,B42,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910018.1
AAAAGAAGTAAACAAATTCTCCTTCCTTTGTATTTAGAACAACATCCTTAATCAAATGAAATGTTTGTAGGTACTCTTTCTCGCTTCATTTGATGTTTTACACATTTCGGCTCTGGTGGACCGAGCACACCCAATTGCAACATGTTGACCCCACGCTGCTTTCTCCCACGCAATAAAGCAATATTTAAACAGTTTCCACTTTCTCTTTCATCTCTGAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCCCTCTCCCCTGTC...
XM_057910016.1
AAAAGAAGTAAACAAATTCTCCTTCCTTTGTATTTAGAACAACATCCTTAATCAAATGAAATGTTTGTAGGTACTCTTTCTCGCTTCATTTGATGTTTTACACATTTCGGCTCTGGTGGACCGAGCACACCCAATTGCAACATGTTGACCCCACGCTGCTTTCTCCCACGCAATAAAGCAATATTTAAACAGTTTCCACTTTCTCTTTCATCTCTGAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCCCTCTCCCCTGTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130986576
ATGGAGTCGCTGTCTCGACCACCGCAAAGAAGAAAACACTCCGCGGCCAGGAGCGCCTCCACCTCTTCATTCTCTCTCAACAACCCCTACGGCGACGTTCTGCTCTCCAGAGGCGCCGAAAAAGCCAAGTTCCAGCCTCACGAATACGCCGAGATTTTCTCCGGTTCTACCTCCATTCCGGTTCTCGATCTTTCCGGTCTGACCCAGCCGGCGGGTTTCCGGAACTCCGAGCTCGATTACTCCAACATTTTTGGTGGTGC...
LOC130986576
ATGGAGTCGCTGTCTCGACCACCGCAAAGAAGAAAACACTCCGCGGCCAGGAGCGCCTCCACCTCTTCATTCTCTCTCAACAACCCCTACGGCGACGTTCTGCTCTCCAGAGGCGCCGAAAAAGCCAAGTTCCAGCCTCACGAATACGCCGAGATTTTCTCCGGTTCTACCTCCATTCCGGTTCTCGATCTTTCCGGTCTGACCCAGCCGGCGGGTTTCCGGAACTCCGAGCTCGATTACTCCAACATTTTTGGTGGTGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057765999.1
MESLSRPPQRRKHSAARSASTSSFSLNNPYGDVLLSRGAEKAKFQPHEYAEIFSGSTSIPVLDLSGLTQPAGFRNSELDYSNIFGGAKGGDVAVCHEQLFNGVVKTNKTRRIPADAESPFQEHGSLNASGKAKSSLGANGLPVDGIKQQFNVSFNKISQRSSNESNGKTHIAQLQAVPGFTHFVDDGTPQSQKKEGERPVLLVKREVSRTWSFNSGIDATIIKGGLSSEKSHTPDKSCLPSFASNETAGENSPPLFDEEL...
XP_057766001.1
MESLSRPPQRRKHSAARSASTSSFSLNNPYGDVLLSRGAEKAKFQPHEYAEIFSGSTSIPVLDLSGLTQPAGFRNSELDYSNIFGGAKGGDVAVCHEQLFNGVVKTNKTRRIPADAESPFQEHGSLNASGKAKSSLGANGLPVDGIKQQFNVSFNKISQRSSNESNGKTHIAQLQAVPGFTHFVDDGTPQSQKKEGERPVLLVKREVSRTWSFNSGIDATIIKGGLSSEKSHTPDKSCLPSFASNETAGENSPPLFDEEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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