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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001927

染色体: Chr05 坐标: 19557461-19560655 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001927
名称SmilChr05G001927
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向19557461 - 19560655 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986577
GeneID130986577
locus_tag-
NCBI NameLOC130986577
原始查询LOC130986577

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750-like
ArabidopsisAT4G02750 (AT4G02750)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828187]
identity=65.5; qcov=0.94; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0327200 (P0706E03.7)
-
identity=57.5; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986577

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057766003.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057766003.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766003.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766003.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766003.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:19557932 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr5:19558315 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C35,D4
Chr5:19559071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr5:19559142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:19559170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,A6,B43,B82,D10
Chr5:19559192 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B81
Chr5:19559296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr5:19559787 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B3,C6,C79
Chr5:19559809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B22
Chr5:19559832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C65
Chr5:19559895 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,B80
Chr5:19559952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766003.1
767 aa
N
1
384
767
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 53-79 aa PF13041 PPR_2 80-109 aa PF01535 PPR 82-110 aa PF01535 PPR 114-141 aa PF01535 PPR 144-167 aa PF01535 PPR 175-198 aa PF01535 PPR 206-232 aa PF01535 PPR 237-267 aa PF13041 PPR_2 266-298 aa PF12854 PPR_1 267-293 aa PF01535 PPR 268-298 aa PF01535 PPR 299-329 aa PF01535 PPR 331-360 aa PF01535 PPR 361-390 aa PF01535 PPR 434-460 aa PF13041 PPR_2 459-507 aa PF13812 PPR_3 460-506 aa PF01535 PPR 462-490 aa PF12854 PPR_1 527-558 aa PF01535 PPR 534-558 aa PF20431 E_motif 577-639 aa PF14432 DYW_deaminase 675-767 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 53 79 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 80 109 2.6e-103 338.7 PPR repeat family
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 82 110 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 114 141 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 144 167 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 175 198 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 206 232 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 237 267 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 266 298 2.6e-103 338.7 PPR repeat family
XP_057766003.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 267 293 6.9e-75 247.2 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 268 298 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 299 329 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 331 360 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 361 390 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 434 460 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 459 507 2.6e-103 338.7 PPR repeat family
XP_057766003.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 460 506 1.4e-31 109.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 462 490 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 527 558 6.9e-75 247.2 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 534 558 3.3e-117 375.6 PPR repeat
XP_057766003.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 577 639 9.9e-20 71.3 E motif
XP_057766003.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 675 767 3.6e-39 133.2 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910020.1
CTACAGCCGCTCCCCTCCCCCCTTAGTCTCGTCTCTCTCTGTTCTCACAATACACACACACACAGCACGCAGGCGCCGGCGACACCGCCGTCGCCCCTGCGGCCTCGTCTCTTCCTCCACCGCCTGACACCCCCACATCTCCCTCGACCTTTCTTTCTATTCTCCTCTCGCAAATCGACTTCCTCTCTCTCTTGGTTGTCACAACCGACGGCGCCCCTTGCGCCGTCCCTTCCTTGGCAACGGCGATTGTCGCCGGTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986577
ATGCGTTTCAGACATTTTCACACTACCATCTTACGCTCGTCGCGAATTAATGCAACGCCGCCGCGCCGGAATACTAGCCACTTTTTCGAACCACCGCCCAGCAGGGAACGGGTGAGGCCCAGAAGCAACAGATTTACGGACTCCGACATAGTGAAATACAACGTCGCTATCACAAACTACTTGCGCAATGGCCAATGCGACGCCGCCTTGCGCCTCTTCAACTCCATGCCTCGCAAATCCACGGTCTCCTACAACACTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766003.1
MRFRHFHTTILRSSRINATPPRRNTSHFFEPPPSRERVRPRSNRFTDSDIVKYNVAITNYLRNGQCDAALRLFNSMPRKSTVSYNTMISGYLSNGEFKLAQHLFDEMPVKDLITRNIMISGNVKNKNLGAARRLFDEMPVRDVVSWNAMLSGYAQNGFLDEARRLFDATPERNEISWNAILAAYVQNGKIEEARRLFDSKERWALVSWNCLMGGYLKKKRLVEARQVFKHMPVRDEVSWNTMVTCYAQNGDMKEARKLFQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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