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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001917`

染色体: Chr05 坐标: 19430939-19433423 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001917`
名称	SmilChr05G001917
描述	geranylgeranyl pyrophosphate synthase, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	19430939 - 19433423 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986581`
GeneID	`130986581`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986581`
原始查询	`LOC130986581`

查看完整 ID 对照表

已核对的文献基因名映射

这些条目来自人工核对的文献基因名与当前参考基因组的映射。置信度反映映射证据强度，不代表该功能已在本材料中完成实验验证。

文献基因名	映射置信度	映射证据	文献功能摘要
`SmGGPPS1`	medium	Website function annotation keyword: geranylgeranyl pyrophosphate synthase, chloroplastic-like	Geranylgeranyl pyrophosphate synthase pathway gene targeted by JA/MYC2-related regulation.

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	geranylgeranyl pyrophosphate synthase, chloroplastic-like
产物	geranylgeranyl pyrophosphate synthase%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT4G36810` (GGPS1) geranylgeranyl pyrophosphate synthase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829834] identity=75.3; qcov=0.835; evalue=2.23e-162; confidence=high
Rice	`Os07g0580900` (OsGGPPS1) - identity=67.3; qcov=0.832; evalue=1.9e-125; confidence=high
GO	GO:0004311 (geranylgeranyl diphosphate synthase activity); GO:0008299 (isoprenoid biosynthetic process)
KEGG	smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00348 (polyprenyl_synt)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986581

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057766012.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057766012.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766012.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766012.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766012.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:19431782`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B65
`Chr5:19431782`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B65
`Chr5:19431885`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr5:19432081`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B132
`Chr5:19432135`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr5:19432757`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B39
`Chr5:19432817`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C33,C79,C8
`Chr5:19433219`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B93,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766012.1

364 aa

182

364

polyprenyl_synt

PF00348 polyprenyl_synt 98-333 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766012.1`	Pfam	`PF00348`	polyprenyl_synt	Domain	98	333	1.2e-60	205.6	Polyprenyl synthetase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910029.1
TTTTTTTTGCCTCCACAATTATATTATCTTTTTGAGTGAGAAACGAAGGGTAGAAGATCAAATAAAATATTTCGTTTTCACAGTATGCAAAATCTAAAAATCATGAATCATTATATAATCCATGATTATCATCTAAAAATTTGTATTATTGCATATTTGCCTACAAAAAATATTACAAAATAATCAATAATAAGTATTGAAATGTATATATAGTGAAAGTAAAGATTTTTAACCTGATTATATTTTAGTAGGTGATATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986581
ATGAGATCTATGAATCTGGTGGATGCGTGGGTCCAAAACCTCTCAATCTTCAAGCAGCCATGCCCCTCCAAATCCCTGGTCGGATTCATCCACCACCCGAGATTCGAACCCGTTTTCCTGAAATCACGGAGGCGCATTTCCTCCCACGGCGTCTCCGCCGTGCTCACCGGCGAGGAGGCCAGAGTGTCCACGCAGAGAGACGATGCGCCCTTCAATTTCAACGCCTACGTCGTCGAGAAGGCGAATCACGTGAACAAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766012.1
MRSMNLVDAWVQNLSIFKQPCPSKSLVGFIHHPRFEPVFLKSRRRISSHGVSAVLTGEEARVSTQRDDAPFNFNAYVVEKANHVNKALDDAVAVRNPPMIHDAMRYSLLAGGKRVRPMLCIAACEIVGGPQSAAIPAACAVEMIHTMSLIHDDLPCMDNDDLRRGKPTNHKVFGEDVAVLAGDALLAFAFEFMATATTGVAPERILAAVGELAKAIGTEGLVAGQVVDLNCTGDANVGLDTLEFIHIHKTAALLEASVVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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