当前解析结果
SmilChr05G001941| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001941 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001941 |
| 描述 | peroxidase 9-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 19774926 - 19776568 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986597 |
|---|---|
| GeneID | 130986597 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986597 |
| 原始查询 | LOC130986597 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peroxidase 9-like |
| 产物 | peroxidase 9-like |
| Arabidopsis | AT1G44970 (AT1G44970)Peroxidase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841062] identity=66.2; qcov=1.07; evalue=4.33e-154; confidence=high |
| Rice | Os01g0263000 (prx5)- identity=61.9; qcov=0.935; evalue=1.41e-138; confidence=high |
| GO | GO:0004601 (peroxidase activity); GO:0006979 (response to oxidative stress); GO:0020037 (heme binding); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process) |
| KEGG | smil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00141 (peroxidase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986597 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057766031.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057766031.1 |
| 3 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057766031.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766031.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766031.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:19776154 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B1 |
Chr5:19776334 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr5:19776379 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B63,B93,C54,D7 |
Chr5:19776439 |
GAT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B75 |
Chr5:19776439 |
GAT |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766031.1PF00141
peroxidase 47-286 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766031.1 |
Pfam | PF00141 |
peroxidase | Domain | 47 | 286 | 3e-85 | 286.5 | Peroxidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。