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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002773

染色体: Chr01 坐标: 46179891-46185548 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002773
名称SmilChr01G002773
描述DNA repair protein recA homolog 3, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向46179891 - 46185548 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986643
GeneID130986643
locus_tag-
NCBI NameLOC130986643
原始查询LOC130986643

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA repair protein recA homolog 3, mitochondrial
产物DNA repair protein recA homolog 3%2C mitochondrial
ArabidopsisAT2G19490 (RECA2)
recA DNA recombination family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816468]
identity=77; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0901200 (RecA)
-
identity=71.8; qcov=0.966; evalue=1.26e-179; confidence=high
GOGO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006281 (DNA repair); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140664 (ATP-dependent DNA damage sensor activity)
KEGGsmil03440 (Homologous recombination - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00154 (RecA_N); PF08423 (Rad51); PF21096 (RecA_C); PF27531 (MT3502_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986643

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057766092.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766103.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057766092.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057766103.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057766103.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:46180517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B70,C37
Chr1:46180544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B70,C37
Chr1:46180565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B70,C37
Chr1:46181031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B124,C20,C32,C68
Chr1:46181046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr1:46181073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C5
Chr1:46181120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr1:46181811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr1:46182113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:46182153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr1:46184104 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A9
Chr1:46184104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766092.1
393 aa
N
1
196
393
RecA_N
Rad51
MT3502_N
RecA_C
C
PF00154 RecA_N 63-326 aa PF08423 Rad51 95-285 aa PF27531 MT3502_N 109-204 aa PF21096 RecA_C 330-383 aa
XP_057766096.1
392 aa
N
1
196
392
RecA_N
Rad51
MT3502_N
RecA_C
C
PF00154 RecA_N 62-325 aa PF08423 Rad51 94-284 aa PF27531 MT3502_N 108-203 aa PF21096 RecA_C 329-382 aa
XP_057766103.1
379 aa
N
1
190
379
RecA_N
Rad51
MT3502_N
RecA_C
C
PF00154 RecA_N 49-312 aa PF08423 Rad51 81-271 aa PF27531 MT3502_N 95-190 aa PF21096 RecA_C 316-369 aa
XP_057766111.1
378 aa
N
1
189
378
RecA_N
Rad51
MT3502_N
RecA_C
C
PF00154 RecA_N 48-311 aa PF08423 Rad51 80-270 aa PF27531 MT3502_N 94-189 aa PF21096 RecA_C 315-368 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766092.1 Pfam PF00154 RecA_N Domain 63 326 3.3e-117 391.3 RecA N-terminal domain
XP_057766092.1 Pfam PF08423 Rad51 Domain 95 285 8.6e-10 39.0 Rad51
XP_057766092.1 Pfam PF27531 MT3502_N Domain 109 204 2.1e-07 31.9 MT3502 N-terminal domain
XP_057766092.1 Pfam PF21096 RecA_C Domain 330 383 2.3e-08 34.7 RecA C-terminal domain
XP_057766096.1 Pfam PF00154 RecA_N Domain 62 325 3.2e-117 391.3 RecA N-terminal domain
XP_057766096.1 Pfam PF08423 Rad51 Domain 94 284 8.5e-10 39.0 Rad51
XP_057766096.1 Pfam PF27531 MT3502_N Domain 108 203 2.1e-07 31.9 MT3502 N-terminal domain
XP_057766096.1 Pfam PF21096 RecA_C Domain 329 382 2.2e-08 34.8 RecA C-terminal domain
XP_057766103.1 Pfam PF00154 RecA_N Domain 49 312 2.9e-117 391.5 RecA N-terminal domain
XP_057766103.1 Pfam PF08423 Rad51 Domain 81 271 7.7e-10 39.2 Rad51
XP_057766103.1 Pfam PF27531 MT3502_N Domain 95 190 2e-07 32.0 MT3502 N-terminal domain
XP_057766103.1 Pfam PF21096 RecA_C Domain 316 369 2.2e-08 34.8 RecA C-terminal domain
XP_057766111.1 Pfam PF00154 RecA_N Domain 48 311 2.9e-117 391.5 RecA N-terminal domain
XP_057766111.1 Pfam PF08423 Rad51 Domain 80 270 7.7e-10 39.2 Rad51
XP_057766111.1 Pfam PF27531 MT3502_N Domain 94 189 2e-07 32.0 MT3502 N-terminal domain
XP_057766111.1 Pfam PF21096 RecA_C Domain 315 368 2.1e-08 34.8 RecA C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910113.1
TCGAGAAAAAGGAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAGAGGCAAGAAGTTGAAAAAGGAGGGAAATTTCCAAAAACCCTACAAATTGATTTTGTCTCTGAACCGCTACCCTTCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCAGCGCAGAAATGTACGGCCAACACTGCTAGAGAAAGGGTCGTCTGTTCGTTTAAGTGGGTGGCCACTCACCTGCTTCTTCTAATCTTTATTATTCCGTTTAATTTTCTCTTTTCGGGTTTGATTC...
XM_057910109.1
TACAAATTGATTTTGTCTCTGAACCGCTACCCTTCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCAGCGCAGAAATGTACGGCCAACACTGCTAGAGAAAGGGTCGTCTGTTCGTTTAAGTGGGTGGCCACTCACCTGCTTCTTCTAATCTTTATTATTCCGTTTAATTTTCTCTTTTCGGGTTTGATTCTACAATGGCGAGGCTTCTGCGAAGTGCCTCCTCTCTCAGACGCTATATGTTTCCGCAATTGGAGGAATCCAGGGGG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130986643
ATGGCGAGGCTTCTGCGAAGTGCCTCCTCTCTCAGACGCTATATGTTTCCGCAATTGGAGGAATCCAGGGGGGTATTACACGAGACATCTATGCAGCTGCGTGAATTTGCCACGAAAGGTAAAAAGAAGACAAAGAGTGACACAAGTGATTCTGGAGAAGAGAATATGTCTAAGAAAGAGTTGGCTCTAAAGATGGCTTTAGATCAGATCACCAAATCATTTGGAGATGGATCTATAATGTGGCTCGGCAGGGATGATTC...
LOC130986643
ATGGCGAGGCTTCTGCGAAGTGCCTCCTCTCTCAGACGCTATATGTTTCCGCAATTGGAGGAATCCAGGGGGGTATTACACGAGACATCTATGCAGCTGCGTGAATTTGCCACGAAAGGTGGTAAAAAGAAGACAAAGAGTGACACAAGTGATTCTGGAGAAGAGAATATGTCTAAGAAAGAGTTGGCTCTAAAGATGGCTTTAGATCAGATCACCAAATCATTTGGAGATGGATCTATAATGTGGCTCGGCAGGGATGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057766092.1
MARLLRSASSLRRYMFPQLEESRGVLHETSMQLREFATKGGKKKTKSDTSDSGEENMSKKELALKMALDQITKSFGDGSIMWLGRDDSQRHHPVISTGSFSLDVALGIGGLPKGRVVEIYGPEASGKTTLALHLIAEAQKQGGYCAFVDAEHALDPSLAEAIGVNTQNLLISQPDCGEQALSLVDTLIRSGSIDVVVVDSVAALVPKGELDGEMGDAHMAMQARLMSQALRKICHSLSLSQTILLFTNQVRAKLSTFGFG...
XP_057766096.1
MARLLRSASSLRRYMFPQLEESRGVLHETSMQLREFATKGKKKTKSDTSDSGEENMSKKELALKMALDQITKSFGDGSIMWLGRDDSQRHHPVISTGSFSLDVALGIGGLPKGRVVEIYGPEASGKTTLALHLIAEAQKQGGYCAFVDAEHALDPSLAEAIGVNTQNLLISQPDCGEQALSLVDTLIRSGSIDVVVVDSVAALVPKGELDGEMGDAHMAMQARLMSQALRKICHSLSLSQTILLFTNQVRAKLSTFGFGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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