当前解析结果
SmilChr01G002775| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002775 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002775 |
| 描述 | nucleosome assembly protein 1;2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 46195111 - 46198457 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986668 |
|---|---|
| GeneID | 130986668 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986668 |
| 原始查询 | LOC130986668 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nucleosome assembly protein 1;2-like |
| 产物 | nucleosome assembly protein 1%3B2-like |
| Arabidopsis | AT2G19480 (NAP1;2)nucleosome assembly protein 1;2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816467] identity=74.5; qcov=1.01; evalue=8.43e-166; confidence=high |
| Rice | Os05g0539700 (Orysa)nucleosome assembly protein 1-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4339460] identity=70.6; qcov=1.03; evalue=4.94e-166; confidence=high |
| GO | GO:0000785 (chromatin); GO:0003682 (chromatin binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006334 (nucleosome assembly); GO:0042393 (histone binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00956 (NAP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986668 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057766120.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057766120.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057766120.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057766120.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766120.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:46195409 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B12 |
Chr1:46195428 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr1:46196387 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr1:46196840 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr1:46197169 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B112,B19,B44 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766120.1PF00956
NAP 54-291 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766120.1 |
Pfam | PF00956 |
NAP | Family | 54 | 291 | 7.5e-89 | 298.2 | Nucleosome assembly protein (NAP) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。