Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002027`

染色体: Chr05 坐标: 21027861-21032732 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002027`
名称	SmilChr05G002027
描述	uncharacterized SmilChr05G002027
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	21027861 - 21032732 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986669`
GeneID	`130986669`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986669`
原始查询	`LOC130986669`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Putative endonuclease or glycosyl hydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830844]; symbol=AT5G09840; hit=AT5G09840; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Putative endonuclease or glycosyl hydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830844]; symbol=AT5G09840; hit=AT5G09840; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G09840` (AT5G09840) Putative endonuclease or glycosyl hydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830844] identity=60.8; qcov=0.301; evalue=1.14e-120; confidence=low
Rice	`Os12g0162900` - identity=48.6; qcov=0.321; evalue=1.55e-92; confidence=low
GO	GO:0004540 (RNA nuclease activity); GO:0005777 (peroxisome); GO:0010468 (regulation of gene expression)
KEGG	-
Pfam	PF01936 (NYN); PF12872 (OST-HTH); PF14418 (OHA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986669

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057766118.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057766118.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057766118.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766118.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766118.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:21028452`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C23
`Chr5:21028513`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B73,C31
`Chr5:21028574`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B87,C22,C5,D9
`Chr5:21028650`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C23
`Chr5:21028781`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,C82
`Chr5:21028787`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B57,C24,C32,C68
`Chr5:21028817`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr5:21029001`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:21029044`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:21029261`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B87,C22,C5,D9
`Chr5:21030128`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr5:21030279`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766118.1

1026 aa

513

1026

NYN

OST-HTH

OHA

PF01936 NYN 51-187 aa PF12872 OST-HTH 264-324 aa PF14418 OHA 648-696 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766118.1`	Pfam	`PF01936`	NYN	Domain	51	187	2.2e-26	93.8	NYN domain
`XP_057766118.1`	Pfam	`PF12872`	OST-HTH	Domain	264	324	2.2e-12	47.4	OST-HTH/LOTUS domain
`XP_057766118.1`	Pfam	`PF14418`	OHA	Domain	648	696	2.7e-08	34.3	OST-HTH Associated domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910135.1
AGAGAAGAATTGACAGGTTTTAATTAGGGTTTTAGGAGCTCCCAAAACCCTTGTGCTACAAGGAAGCCGACTTCAATGGCGCCTGCTACTTATCTTCCATCCCACAAATGATCGCCATTCTCCATTCCATCTTTCACCGAATTCTTTTCCTAATCCCCAAAAATGAAGCCCATTCCTCCGAGGCCAATTCTCACCCTCTCCATTCTCACCGCCGCGAACCATAAAGCGACTAAAATCCCCCATGTTGTGGCGTTCTCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986669
ATGAAGCCCATTCCTCCGAGGCCAATTCTCACCCTCTCCATTCTCACCGCCGCGAACCATAAAGCGACTAAAATCCCCCATGTTGTGGCGTTCTCCACGCTGCAGAGCCACCACCACCTGCGGCGGCAGGAGGAGGAGAGCCGCGCTGTGCGGGTGTCGGTCTGGTGGGACTTCGAGAACTGCCATGTTCCGGTGAACGGCAACGCTTTCAGGGTGGCGCAGAGCATCACTAATGCGATTAGGGCTAATGGGATTAAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766118.1
MKPIPPRPILTLSILTAANHKATKIPHVVAFSTLQSHHHLRRQEEESRAVRVSVWWDFENCHVPVNGNAFRVAQSITNAIRANGIKGPIEITAFGDVMQISRTNQEALSATGINLTHVPSGGKNSADRSLLVDLMYWVSKNPPPAHLLLISGDRDFAGILHRLRMSNYNILLASPDSAPNVLCSAATIMWHWSSLLKGENLSGKLFNQPPDGPYNSWYGHYKAPLVDPFAVTVQSTCSSADQSSLLASEPKLLAASEPKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器