当前解析结果
SmilChr05G002035| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002035 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002035 |
| 描述 | probable serine protease EDA2 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 21190932 - 21195848 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986674 |
|---|---|
| GeneID | 130986674 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986674 |
| 原始查询 | LOC130986674 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable serine protease EDA2 |
| 产物 | probable serine protease EDA2 |
| Arabidopsis | AT4G36195 (AT4G36195)Serine carboxypeptidase S28 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829777] identity=64.6; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0511400 (OsProCP3)- identity=68.2; qcov=0.917; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005773 (vacuole); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008239 (dipeptidyl-peptidase activity); GO:0070008 (serine-type exopeptidase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05577 (Peptidase_S28) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986674 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057766125.1 |
| 2 | Lysosome | 溶酶体 | 0.20000 | XP_057766125.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766125.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766125.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766125.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:21191125 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr5:21191131 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:21191198 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B46,B89,D11 |
Chr5:21192521 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr5:21193178 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C86 |
Chr5:21194428 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr5:21194438 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B23,D11 |
Chr5:21194783 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C86 |
Chr5:21195242 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,C23 |
Chr5:21195274 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
Chr5:21195518 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B72,B93,C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766125.1PF05577
Peptidase_S28 49-438 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766125.1 |
Pfam | PF05577 |
Peptidase_S28 | Domain | 49 | 438 | 2.3e-79 | 268.0 | Serine carboxypeptidase S28 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。