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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002054

染色体: Chr05 坐标: 21405442-21407653 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002054
名称SmilChr05G002054
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向21405442 - 21407653 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986689
GeneID130986689
locus_tag-
NCBI NameLOC130986689
原始查询LOC130986689

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
产物probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
ArabidopsisAT4G08850 (AT4G08850)
Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826456]
identity=35.7; qcov=1.08; evalue=5.16e-96; confidence=medium
RiceOs04g0618700 (Os-FLS2)
-
identity=32; qcov=1.27; evalue=5.24e-90; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986689

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057766142.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057766142.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766142.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766142.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766142.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:21405806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A3
Chr5:21406243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B79,C3,D6
Chr5:21406261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B35
Chr5:21406269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr5:21406284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,C62
Chr5:21406306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C45,C85
Chr5:21406367 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C54
Chr5:21406418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr5:21406464 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B30
Chr5:21406464 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B30
Chr5:21406482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C45,C85
Chr5:21406528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B136,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766142.1
641 aa
N
1
320
641
LRRNT_2
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_4
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 26-66 aa PF23598 LRR_14 198-281 aa PF00560 LRR_1 205-226 aa PF00560 LRR_1 228-248 aa PF00560 LRR_1 252-274 aa PF12799 LRR_4 252-288 aa PF23598 LRR_14 256-465 aa PF00560 LRR_1 276-298 aa PF13855 LRR_8 324-383 aa PF00560 LRR_1 325-346 aa PF00560 LRR_1 348-368 aa PF00560 LRR_1 372-395 aa PF13855 LRR_8 399-454 aa PF00560 LRR_1 419-441 aa PF13855 LRR_8 419-478 aa PF00560 LRR_1 443-465 aa PF00560 LRR_1 526-545 aa PF00560 LRR_1 548-567 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766142.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 26 66 2e-09 38.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057766142.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 198 281 2.2e-34 119.5 Leucine-rich repeat region
XP_057766142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 205 226 1.2e-59 186.0 Leucine Rich Repeat
XP_057766142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 228 248 1.2e-59 186.0 Leucine Rich Repeat
XP_057766142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 252 274 1.2e-59 186.0 Leucine Rich Repeat
XP_057766142.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 252 288 7.4e-31 106.2 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057766142.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 256 465 2.2e-34 119.5 Leucine-rich repeat region
XP_057766142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 276 298 1.2e-59 186.0 Leucine Rich Repeat
XP_057766142.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 324 383 1.1e-39 134.7 Leucine rich repeat
XP_057766142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 325 346 1.2e-59 186.0 Leucine Rich Repeat
XP_057766142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 348 368 1.2e-59 186.0 Leucine Rich Repeat
XP_057766142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 372 395 1.2e-59 186.0 Leucine Rich Repeat
XP_057766142.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 399 454 1.1e-39 134.7 Leucine rich repeat
XP_057766142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 419 441 1.2e-59 186.0 Leucine Rich Repeat
XP_057766142.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 419 478 1.1e-39 134.7 Leucine rich repeat
XP_057766142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 443 465 1.2e-59 186.0 Leucine Rich Repeat
XP_057766142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 526 545 1.2e-59 186.0 Leucine Rich Repeat
XP_057766142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 548 567 1.2e-59 186.0 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910159.1
TTTGCCCTTACTCACAAAAGGAATACGTTCCCAGAAAAGACAAATTGCAAAATCAAAATTACCTATATATTTATAGTTGAAGATGTTGGAAAAATATTCTTCACCTTAACTAACATAGTCACAAGAAGGTGACAAAAACAAAAGTGCAAAGCAAAAAGCTGAAATTTCCGTATTGAAATTGTGAATGGAGAAGCATGGAAGCAAAGAGGTCCTTCTTCTCCTCCTCTTCCACTCCATTTTGTGGCAATCCCGGGGCTGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986689
ATGGAGAAGCATGGAAGCAAAGAGGTCCTTCTTCTCCTCCTCTTCCACTCCATTTTGTGGCAATCCCGGGGCTGCCACCCTACGGATAAAGAGGCCCTCCTCGATTTCAAGAGCAGAATCACTTCTGATCCTTCCAGATTGCTCCACTCTTGGATTCCTTCCAAAGATTGTTGCTCTGCTTGGGAGGGCATCGCCTGCCATCCTTCTTCGCGCCGGGTCCTCAACTTGAGCCGTCCCGGGCTTTTCTCAGACTCTGATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766142.1
MEKHGSKEVLLLLLFHSILWQSRGCHPTDKEALLDFKSRITSDPSRLLHSWIPSKDCCSAWEGIACHPSSRRVLNLSRPGLFSDSDSPVDTSMTGTLSPFLGNLSSLQLLNLGSLKSLKGHIPPELGKLTKLRQMFLDSNSLEGPIPASFQRLSELESLALSDNHLTGPVPTYLFKKMTSLSQLWLAENFLSGWIPASIGGLVELRYLDLHDNAFSGTLPHSVGSLHNLLRLDLSKNRLSGPIPNSIGLLSNLIELDLSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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