Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002079`

染色体: Chr05 坐标: 21719611-21721931 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002079`
名称	SmilChr05G002079
描述	uncharacterized SmilChr05G002079
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	21719611 - 21721931 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986709`
GeneID	`130986709`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986709`
原始查询	`LOC130986709`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007789]; symbol=AT1G51538; hit=AT1G51538; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007789]; symbol=AT1G51538; hit=AT1G51538; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G51538` (AT1G51538) Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007789] identity=27; qcov=0.281; evalue=5.8e-09; confidence=weak
Rice	`Os03g0565300` - identity=23.6; qcov=0.357; evalue=1.19e-06; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF10536 (PMD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986709

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766170.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766170.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766170.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766170.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057766170.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:21719665`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B51
`Chr5:21719745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	37	A15,B106,B122,B123,B136,B14,B140,B17,B20,B31,B33,B36,B48,B51,B64,B71,B76,B80,B95,C1,C20,C21,C29,C32,C35,C40,C46,C47,C48,C49,C65,C68,C72,C73,C74,C75,D6
`Chr5:21719765`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B25,B26,C64
`Chr5:21719774`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B25,B26,C64
`Chr5:21719793`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,C33
`Chr5:21719801`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,C79
`Chr5:21719803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr5:21719848`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B104,B122
`Chr5:21719906`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B27,C25
`Chr5:21719939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A11,B30,B70,B80,C14,C41,D4
`Chr5:21719974`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B129,B26,C66
`Chr5:21720081`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B114,B40,B81,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766170.1

725 aa

362

725

PMD

PF10536 PMD 2-400 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766170.1`	Pfam	`PF10536`	PMD	Domain	2	400	8.5e-24	85.1	Plant mobile domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910187.1
ATGCAGTTTATGCCTCTCTTTTTACTTATGATTGCCAGCCCGAGATGGTTAAAGCGTTCTGTGAAGCTTGGTGTCCTACGACGAACACCATTCTCACTTCATCTGGCGAGATGTCTATTTCTCTATGGGATTTACAGTATCTATCAGGGCTTCCGTGTACCGGGACACTGTATGATGAGGTTGTACCCTGCGCGAAAGAGATTCTTGGCAAAGATCAGTTTGGCAACCCGTTCATTCCCTTGAGTTGTGAATATTTACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986709
ATGGTTAAAGCGTTCTGTGAAGCTTGGTGTCCTACGACGAACACCATTCTCACTTCATCTGGCGAGATGTCTATTTCTCTATGGGATTTACAGTATCTATCAGGGCTTCCGTGTACCGGGACACTGTATGATGAGGTTGTACCCTGCGCGAAAGAGATTCTTGGCAAAGATCAGTTTGGCAACCCGTTCATTCCCTTGAGTTGTGAATATTTACTCTCTGCTTACTATTCTCTTAAGCATCGTGATGGCAAGGATCCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766170.1
MVKAFCEAWCPTTNTILTSSGEMSISLWDLQYLSGLPCTGTLYDEVVPCAKEILGKDQFGNPFIPLSCEYLLSAYYSLKHRDGKDPKSSVSIDEWIKFWSKKASKYSHPPARRAKKSQRPKSTHNPSGSFEAHQPWSSEERAPFIELDASDKYHTTMYLAAHIACWLCIFVFPDGDAMSIRPTSFKMASLMACKQKVALTAPVLASIYKGLNTISSSMEPSLVPVTLPFHFIYGWIALYFNTHIPLPRSLGVAKMTLYSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器