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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002102

染色体: Chr05 坐标: 22024366-22029143 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002102
名称SmilChr05G002102
描述uncharacterized SmilChr05G002102
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向22024366 - 22029143 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986730
GeneID130986730
locus_tag-
NCBI NameLOC130986730
原始查询LOC130986730

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841692]; symbol=AT1G52600; hit=AT1G52600; species=arabidopsis; confidence=high
产物Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841692]; symbol=AT1G52600; hit=AT1G52600; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G52600 (AT1G52600)
Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841692]
identity=89.4; qcov=1; evalue=8.35e-120; confidence=high
RiceOs06g0273800 (OsSigP5)
-
identity=86.7; qcov=1; evalue=1.22e-115; confidence=high
GOGO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0005787 (signal peptidase complex); GO:0006465 (GO:0006465); GO:0016020 (membrane)
KEGGsmil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00717 (Peptidase_S24); PF31032 (SPase_CTS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986730

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057766209.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057766209.1
3 Vesicle 囊泡 0.40000 XP_057766210.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766209.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766209.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:22026019 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B19,B50,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766209.1
182 aa
N
1
91
182
Peptidase_S24
C
PF00717 Peptidase_S24 37-102 aa
XP_057766210.1
180 aa
N
1
90
180
Peptidase_S24
SPase_CTS
C
PF00717 Peptidase_S24 37-102 aa PF31032 SPase_CTS 152-177 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766209.1 Pfam PF00717 Peptidase_S24 Domain 37 102 3.2e-09 37.2 Peptidase S24-like
XP_057766210.1 Pfam PF00717 Peptidase_S24 Domain 37 102 3.2e-09 37.2 Peptidase S24-like
XP_057766210.1 Pfam PF31032 SPase_CTS Domain 152 177 6.5e-10 39.0 Signal peptidase C-terminal short helix

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910227.1
TAAATAAAGCAGTTGAAATCCTCACACCCTTTTACAGTGCTCCCCCCTTTTGCCTCATAAGTATTCATACGAATAATAAACGGTGTATGCGCGTTTCGATTCTGAACTTAATACAGAGTTGTATTAGTAGAGATAGAGAGAGGGAAGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGCGAAGATGGGGTGGATCGGAGAGCAGATCGATTCAGTCAAATCCTTGAATTTCAGACAATTTCTCACTCAAGC...
XM_057910226.1
TTACAGTGCTCCCCCCTTTTGCCTCATAAGTATTCATACGAATAATAAACGGTGTATGCGCGTTTCGATTCTGAACTTAATACAGAGTTGTATTAGTAGAGATAGAGAGAGGGAAGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGCGAAGATGGGGTGGATCGGAGAGCAGATCGATTCAGTCAAATCCTTGAATTTCAGACAATTTCTCACTCAAGCCGTCAGCCTCGGTATGATCGTCACGTCAGCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986730
ATGGGGTGGATCGGAGAGCAGATCGATTCAGTCAAATCCTTGAATTTCAGACAATTTCTCACTCAAGCCGTCAGCCTCGGTATGATCGTCACGTCAGCACTTATTATATGGAAAGGGTTAATGTGTGTTACTGGAAGTGAATCACCAGTAGTTGTTGTGCTTTCTGGAAGTATGGAGCCTGGTTTTAAAAGGGGCGACATCTTGTTCTTGCATATGAGCAAGGACCCTATTCGTGCTGGAGAAATTGTTGTCTTTAATGT...
LOC130986730
ATGGGGTGGATCGGAGAGCAGATCGATTCAGTCAAATCCTTGAATTTCAGACAATTTCTCACTCAAGCCGTCAGCCTCGGTATGATCGTCACGTCAGCACTTATTATATGGAAAGGGTTAATGTGTGTTACTGGAAGTGAATCACCAGTAGTTGTTGTGCTTTCTGGAAGTATGGAGCCTGGTTTTAAAAGGGGCGACATCTTGTTCTTGCATATGAGCAAGGACCCTATTCGTGCTGGAGAAATTGTTGTCTTTAATGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766209.1
MGWIGEQIDSVKSLNFRQFLTQAVSLGMIVTSALIIWKGLMCVTGSESPVVVVLSGSMEPGFKRGDILFLHMSKDPIRAGEIVVFNVDGREIPIVHRVIKVHERQDTGEVDVLTKGDNNFGDDRLLYAHGQLWLQRHHIMGRAIGFLPYVGWVTIIMTEKPIVKVSFLQNWLPTTLFVYFLS
XP_057766210.1
MGWIGEQIDSVKSLNFRQFLTQAVSLGMIVTSALIIWKGLMCVTGSESPVVVVLSGSMEPGFKRGDILFLHMSKDPIRAGEIVVFNVDGREIPIVHRVIKVHERQDTGEVDVLTKGDNNFGDDRLLYAHGQLWLQRHHIMGRAIGFLPYVGWVTIIMTEKPIVKYILIGALGLLVITSKE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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