Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002109`

染色体: Chr05 坐标: 22106342-22109510 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002109`
名称	SmilChr05G002109
描述	serine hydroxymethyltransferase 4-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	22106342 - 22109510 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986734`
GeneID	`130986734`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986734`
原始查询	`LOC130986734`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine hydroxymethyltransferase 4-like
产物	serine hydroxymethyltransferase 4-like
Arabidopsis	`AT4G13930` (SHM4) serine hydroxymethyltransferase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827027] identity=87.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0455800` (OsSHM2) - identity=84.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004372 (glycine hydroxymethyltransferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006565 (L-serine catabolic process); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0019264 (GO:0019264); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding); GO:0035999 (tetrahydrofolate interconversion); GO:0046655 (folic acid metabolic process); GO:0050897 (cobalt ion binding); GO:0070905 (serine binding)
KEGG	smil00260 (Glycine, serine and threonine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00460 (Cyanoamino acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00630 (Glyoxylate and dicarboxylate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00670 (One carbon pool by folate - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04981 (Folate transport and metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00464 (SHMT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986734

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057766213.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057766213.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766213.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766213.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766213.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:22106660`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:22106702`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B82,C24,C78
`Chr5:22107959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:22108020`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:22108978`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766213.1

471 aa

236

471

SHMT

PF00464 SHMT 13-411 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766213.1`	Pfam	`PF00464`	SHMT	Domain	13	411	6.5e-188	625.0	Serine hydroxymethyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910230.1
CCCAACCACCTAAGGTGATTATGGTGATGTAAACTTGCCCACATATCCTCCTCCTTAAATCACATCTCAACCTCCCACTTTCACTTTGTGCATTCTCTCTTCCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCACACACACTCTTCGGCGAAATGGATCCAGTTTCCGAGTGGGGCAACACCCCGCTTTCCGTGGTGGATCCCGACATCCACGACCTGATCGAGAAGGAGAAGCGTCGTCAATGCCGCGGCATCGAGCTGATCGCGTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986734
ATGGATCCAGTTTCCGAGTGGGGCAACACCCCGCTTTCCGTGGTGGATCCCGACATCCACGACCTGATCGAGAAGGAGAAGCGTCGTCAATGCCGCGGCATCGAGCTGATCGCGTCGGAGAACTTCACCTCGTTCGCGGTGATCGAGGCCCTCGGCAGCGCCCTCACCAACAAGTACTCCGAGGGCATGCCCGGCAACCGCTACTACGGCGGCAACGAGTTCATCGATGAGATCGAGAACCTCACCCGCTCCCGCGCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766213.1
MDPVSEWGNTPLSVVDPDIHDLIEKEKRRQCRGIELIASENFTSFAVIEALGSALTNKYSEGMPGNRYYGGNEFIDEIENLTRSRALHAYRLDPTKWGVNVQPYSGSPANFAAYTAVLNPHDRIMGLDLPSGGHLTHGYYTSGGKKISATSIYFESLPYKVDPKTGYIDYDRLEEKALDFRPRMIICGGSAYPRDWDYKRFREVADKVGALLLCDMAHISGLVAAQEAADPFEYCDIVTTTTHKSLRGPRAGMIFYRKGP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器