Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002131`

染色体: Chr05 坐标: 22411443-22414041 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002131`
名称	SmilChr05G002131
描述	F-box protein At5g03100-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	22411443 - 22414041 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986752`
GeneID	`130986752`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986752`
原始查询	`LOC130986752`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein At5g03100-like
产物	F-box protein At5g03100-like
Arabidopsis	`AT2G39490` (AT2G39490) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818534] identity=25; qcov=0.849; evalue=5.23e-23; confidence=low
Rice	`Os10g0128200` (OsFbox517) - identity=27.5; qcov=0.634; evalue=3.67e-10; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF23622 (LRR_At1g61320_AtMIF1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986752

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766240.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766240.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766240.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766240.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057766240.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:22411660`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B44
`Chr5:22411660`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B44
`Chr5:22411688`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr5:22411849`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B83,C10,C52
`Chr5:22411850`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C71
`Chr5:22411917`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:22412178`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C24,C3,C32,C68
`Chr5:22412239`	`G`	`GGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B66
`Chr5:22412239`	`G`	`GGC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B66
`Chr5:22413796`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,A21,A6,B82,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766240.1

424 aa

212

424

F-box

LRR_At1g61320_AtMIF1

PF00646 F-box 2-36 aa PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 109-390 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766240.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	2	36	1.4e-07	31.9	F-box domain
`XP_057766240.1`	Pfam	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	Repeat	109	390	4.8e-14	53.2	At1g61320/AtMIF1, LRR domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910257.1
TGCTTGTTTCTCTCGTCACAGCTAGCCTGCAGAAGGCCGGCGGCAATGGAAGATTTACCAGCGGAAGTTCTCCATCGCGTGGCCGCTTTCCTTCCCTTGAAGGAGGCCGTGAGAACAAGCTTTCTCTCAACTTCGTGGAGGGATCTATGGCGGCCATGCACAATTGATGATGTCAACCTAAATTCAGATCAACATTTCATGCAAGTGATTGGTAAATATCTCAAGCCTCGCGACGTTCATGAATTGTTGAGGCTTTCCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986752
ATGGAAGATTTACCAGCGGAAGTTCTCCATCGCGTGGCCGCTTTCCTTCCCTTGAAGGAGGCCGTGAGAACAAGCTTTCTCTCAACTTCGTGGAGGGATCTATGGCGGCCATGCACAATTGATGATGTCAACCTAAATTCAGATCAACATTTCATGCAAGTGATTGGTAAATATCTCAAGCCTCGCGACGTTCATGAATTGTTGAGGCTTTCCTATAAAGAGGTTGATATATTAGCTGCCAGAGGAGTAGAGAGAGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766240.1
MEDLPAEVLHRVAAFLPLKEAVRTSFLSTSWRDLWRPCTIDDVNLNSDQHFMQVIGKYLKPRDVHELLRLSYKEVDILAARGVERELYLDFSNDERETQAYALKLNSDIAMRKSTMDASFASLKNLNLKSVSSTFVELSSVLFANCVLLERLKVEQCRGLEALDVAGSGCLEEVVVVDCPDLAEISIASSGLKSFTYRGRLPGIKMKESYGQLVDVTVDLVEGLGQHEFDVEEVLSLFASLRNVETLNITGWLLEWLCSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器