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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002170

染色体: Chr05 坐标: 23051029-23054239 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002170
名称SmilChr05G002170
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向23051029 - 23054239 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986766
GeneID130986766
locus_tag-
NCBI NameLOC130986766
原始查询LOC130986766

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=43.1; qcov=1; evalue=0; confidence=medium
RiceOs11g0490200
-
identity=42.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986766

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057766266.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766266.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766266.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766266.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766266.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:23051124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C82
Chr5:23051368 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 A23
Chr5:23051368 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 1 A23
Chr5:23051495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B40,C80
Chr5:23051817 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B54
Chr5:23051817 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B54
Chr5:23051835 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr5:23051835 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr5:23051908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,D10
Chr5:23052381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr5:23052504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr5:23052724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B61,B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766266.1
989 aa
N
1
494
989
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 30-67 aa PF00560 LRR_1 119-141 aa PF00560 LRR_1 193-214 aa PF00560 LRR_1 338-360 aa PF00560 LRR_1 387-409 aa PF00560 LRR_1 459-481 aa PF00560 LRR_1 508-529 aa PF00560 LRR_1 557-578 aa PF00069 Pkinase 697-977 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 700-980 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766266.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 67 5.5e-11 43.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057766266.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 119 141 2.4e-43 137.4 Leucine Rich Repeat
XP_057766266.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 214 2.4e-43 137.4 Leucine Rich Repeat
XP_057766266.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 338 360 2.4e-43 137.4 Leucine Rich Repeat
XP_057766266.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 387 409 2.4e-43 137.4 Leucine Rich Repeat
XP_057766266.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 459 481 2.4e-43 137.4 Leucine Rich Repeat
XP_057766266.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 508 529 2.4e-43 137.4 Leucine Rich Repeat
XP_057766266.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 557 578 2.4e-43 137.4 Leucine Rich Repeat
XP_057766266.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 697 977 2.2e-34 119.8 Protein kinase domain
XP_057766266.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 700 980 2e-36 126.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910283.1
AACTAATAAGGTCAAACTAAGCTGCATTACAAAACTATCGAAAAAGAAACTATCTTTATTACCTAAACCAATAATCAAAAGATGATGGCAAAATTCATGACGATTCTTCCTCTATCAATCTTCTTCTTCTTCCTCATTTTCCCTCCACCTGCATTATGTTCCACTAATCAAACAGACCAACTCTCATTACTCGCCATAAAATCAAGCCTTCAAGATCCACAAGGAGCTCTCACCTCATGGAACCAAACACTCCCTCTCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986766
ATGATGGCAAAATTCATGACGATTCTTCCTCTATCAATCTTCTTCTTCTTCCTCATTTTCCCTCCACCTGCATTATGTTCCACTAATCAAACAGACCAACTCTCATTACTCGCCATAAAATCAAGCCTTCAAGATCCACAAGGAGCTCTCACCTCATGGAACCAAACACTCCCTCTCTGCAGCTGGAAAGGCATCCAATGCCGCGGCGGCAGAGTCGTCGCTCTAAACTTGACGTCTCAAGGCCTCGTCGGCAACCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766266.1
MMAKFMTILPLSIFFFFLIFPPPALCSTNQTDQLSLLAIKSSLQDPQGALTSWNQTLPLCSWKGIQCRGGRVVALNLTSQGLVGNLSPHVGNLSSLTTILLRNNSFQGPIPAEITLLSSLQILDFSNNSFMGAIPTNLSQCTNLVRLALTRNLLSGTIPIELGFLPKLDDISFTRNQNISGPIPSSFGNLTTLTSLSLGSCSLAGEIPESLGRLRRLAFLQLSENGFTGSIPHALFNLSDMIYFDVSVNHFEGVLPSTIG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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