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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002148

染色体: Chr05 坐标: 22656765-22698986 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002148
名称SmilChr05G002148
描述uncharacterized SmilChr05G002148
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向22656765 - 22698986 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986790
GeneID130986790
locus_tag-
NCBI NameLOC130986790
原始查询LOC130986790

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986790

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057766307.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057766307.1
3 Acrosome Acrosome 0.40000 XP_057766308.1
4 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057766309.1
5 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057766308.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:22657320 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 42 A2,A21,A24,A3,A5,A6,A7,B101,B105,B107,B108,B109,B110,B113,B115,B122,B124,B128,B132,B136,B137,B138,B21,B49,B61,B70,B82,B84,B94,C16,C28,C42,C43,C44,C49,C55,C64,C66,C7,C78,C8,D5
Chr5:22667155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr5:22667180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C40,C5
Chr5:22690533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B115
Chr5:22690564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C43
Chr5:22690571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C8
Chr5:22690607 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr5:22690607 T TTA 2bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr5:22690609 CGT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 D11
Chr5:22690609 CGT C 2bp_deletion CDS_variant 1 D11
Chr5:22690624 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 4 A2,A6,B82,C78
Chr5:22690624 AG A 1bp_deletion CDS_variant 4 A2,A6,B82,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910324.1
CACATACATACACATGATAATATCTGTGTTTCATTATTGGTCTTGAAAGAAAATTAAAGAAAATCTGTATTGAATCAGCACATGCCCAAATAGCATATACATAATTTGCAAGAGCGATGGGAGATGTTCTGGAAATTCAGAATAGCCAACTAAGTTGTGAGGAGAAATCCCCTCAAGATATATTACTTGCTCTCCAAACCAACCAGCAGCTGCTTAGTACTAATTCACCCACTGCCAATCATGCTCAAGAGAAAATTATT...
XM_057910325.1
CACATACATACACATGATAATATCTGTGTTTCATTATTGGTCTTGAAAGAAAATTAAAGAAAATCTGTATTGAATCAGCACATGCCCAAATAGCATATACATAATTTGCAAGAGCGATGGGAGATGTTCTGGAAATTCAGAATAGCCAACTAAGTTGTGAGGAGAAATCCCCTCAAGATATATTACTTGCTCTCCAAACCAACCAGCAGCTGCTTAGTACTAATTCACCCACTGCCAATCATGCTCAAGAGAAAATTATT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130986790
ATGGGAGATGTTCTGGAAATTCAGAATAGCCAACTAAGTTGTGAGGAGAAATCCCCTCAAGATATATTACTTGCTCTCCAAACCAACCAGCAGCTGCTTAGTACTAATTCACCCACTGCCAATCATGCTCAAGAGAAAATTATTTTAGAAGCAAAGGATGCCGGAGATGCGATATCATGTCGGAAAGAGGAATCTCCACCACTTTCTTCGCCTCAACAACCAAAAGCACAACCCTTCACCAAGGACGACGAATCATTGTT...
LOC130986790
ATGGGAGATGTTCTGGAAATTCAGAATAGCCAACTAAGTTGTGAGGAGAAATCCCCTCAAGATATATTACTTGCTCTCCAAACCAACCAGCAGCTGCTTAGTACTAATTCACCCACTGCCAATCATGCTCAAGAGAAAATTATTTTAGAAGCAAAGGATGCCGGAGATGCGATATCATGTCGGAAAGAGGAATCTCCACCACTTTCTTCGCCTCAACAACCAAAAGCACAACCCTTCACCAAGGACGACGAATCATTGTT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057766307.1
MGDVLEIQNSQLSCEEKSPQDILLALQTNQQLLSTNSPTANHAQEKIILEAKDAGDAISCRKEESPPLSSPQQPKAQPFTKDDESLLNENVPHSENSSAATAISQNVESQLMVMKPKENVAPAGSQLNVNETLASNEKDNPHTPSETDIDEETDDPSTGTNASSQVVRSENRRFFQQKAACRQCDRLVTEDIGVLNVKCECTETSLIHQDCMDAWSQQKGDKCLHCDAHIKTKNATVSSIPPQTTLQNPPLSTCTTCSSW...
XP_057766308.1
MGDVLEIQNSQLSCEEKSPQDILLALQTNQQLLSTNSPTANHAQEKIILEAKDAGDAISCRKEESPPLSSPQQPKAQPFTKDDESLLNENVPHSENSSAATAISQNVESQLMVMKPKENVAPAGSQLNVNETLASNEKDNPHTPSETDIDEETDDPSTGTNASSQVVRSENRRFFQQAPELYYVTEEIDDNSTELLHPQGKIESSGDLNLATIHK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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