当前解析结果
SmilChr05G002224| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002224 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002224 |
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor ERF062-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 23770174 - 23770802 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986835 |
|---|---|
| GeneID | 130986835 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986835 |
| 原始查询 | LOC130986835 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor ERF062-like |
| 产物 | ethylene-responsive transcription factor ERF062-like |
| Arabidopsis | AT4G13620 (AT4G13620)Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826996] identity=53.2; qcov=0.928; evalue=1.77e-45; confidence=medium |
| Rice | Os09g0369000 (OsERF#050)- identity=73.2; qcov=0.494; evalue=1.81e-34; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986835 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057766341.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766341.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766341.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057766341.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057766341.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:23770252 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D1,D10 |
Chr5:23770283 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr5:23770402 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D11 |
Chr5:23770402 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:23770459 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B107,B138,C28 |
Chr5:23770496 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr5:23770520 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B39,B66 |
Chr5:23770545 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B132 |
Chr5:23770545 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B132 |
Chr5:23770654 |
GGA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B104,C65 |
Chr5:23770654 |
GGA |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | B104,C65 |
Chr5:23770663 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B104,C65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766341.1PF00847
AP2 41-90 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766341.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 41 | 90 | 1.3e-13 | 51.7 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。