当前解析结果
SmilChr05G002764| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002764 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002764 |
| 描述 | NADH kinase |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 32029755 - 32033678 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986851 |
|---|---|
| GeneID | 130986851 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986851 |
| 原始查询 | LOC130986851 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NADH kinase |
| 产物 | NADH kinase |
| Arabidopsis | AT1G78590 (NADK3)NAD(H) kinase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844195] identity=60.9; qcov=0.947; evalue=4.61e-122; confidence=high |
| Rice | Os09g0345700- identity=57.8; qcov=0.957; evalue=4.79e-117; confidence=high |
| GO | GO:0003951 (NAD+ kinase activity); GO:0006741 (NADP+ biosynthetic process); GO:0019674 (NAD+ metabolic process) |
| KEGG | smil00760 (Nicotinate and nicotinamide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01513 (NAD_kinase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986851 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057766370.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.80000 | XP_057766369.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057766370.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766369.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766369.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:32033156 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C64,C66 |
Chr5:32033432 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C42 |
Chr5:32033442 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 22 | A1,A7,B12,B122,B30,B36,B59,B63,B66,B72,B76,B9,B90,B92,B97,C21,C54,C70,C79,C84,D3,D8 |
Chr5:32033504 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766369.1PF01513
NAD_kinase 71-103 aa
XP_057766370.1PF01513
NAD_kinase 60-92 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766369.1 |
Pfam | PF01513 |
NAD_kinase | Domain | 71 | 103 | 5.6e-10 | 40.3 | ATP-NAD kinase N-terminal domain |
XP_057766370.1 |
Pfam | PF01513 |
NAD_kinase | Domain | 60 | 92 | 5.8e-10 | 40.3 | ATP-NAD kinase N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。