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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002768

染色体: Chr05 坐标: 32110914-32111924 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002768
名称SmilChr05G002768
描述B-box zinc finger protein 22-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向32110914 - 32111924 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986854
GeneID130986854
locus_tag-
NCBI NameLOC130986854
原始查询LOC130986854

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述B-box zinc finger protein 22-like
产物B-box zinc finger protein 22-like
ArabidopsisAT1G78600 (LZF1)
light-regulated zinc finger protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844196]
identity=45.5; qcov=1.15; evalue=3.7e-70; confidence=high
RiceOs06g0152200 (OsBBX16)
-
identity=50.5; qcov=0.782; evalue=5.45e-53; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009640 (photomorphogenesis)
KEGG-
PfamPF00643 (zf-B_box)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986854

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766374.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057766374.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766374.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766374.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766374.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:32111030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B31,B53,C33,C78
Chr5:32111734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr5:32111759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr5:32111769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:32111864 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 19 A23,B107,B128,B132,B137,B139,B15,B20,B48,B53,B61,B64,B75,B84,B98,C28,C31,C34,C80
Chr5:32111914 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 43 A18,A20,A3,A9,B106,B108,B11,B111,B113,B122,B123,B127,B131,B140,B21,B28,B4,B40,B47,B49,B50,B74,B76,B96,B99,C1,C17,C2,C33,C39,C4,C49,C58,C66,C71,C74,C76,C77,C83,C86,C87,D10,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766374.1
243 aa
N
1
122
243
zf-B_box
zf-B_box
C
PF00643 zf-B_box 3-47 aa PF00643 zf-B_box 53-95 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766374.1 Pfam PF00643 zf-B_box Domain 3 47 1.8e-13 51.1 B-box zinc finger
XP_057766374.1 Pfam PF00643 zf-B_box Domain 53 95 1.8e-13 51.1 B-box zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910391.1
TCTTACCGGATTTAACCGCCACAACACCTCCTTCCTCCTCCCCAACATTCACAAGTCTGCTATTTTGAGGTGAAATGAAGATTCAATGCAACGTGTGTGAGGCGGCGGAGGCGAAAGTGCTGTGCTGCGCCGACGAGGCCGCCCTCTGCACCGAGTGCGACCAGAAAGTGCACGCCGCCAATAAGCTCGCCAGCAAACACCAGAGGGTTCCTCTCTCGACTTGTTCGTCGCAGAAGCCCAAGTGCGATATATGCCAGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986854
ATGAAGATTCAATGCAACGTGTGTGAGGCGGCGGAGGCGAAAGTGCTGTGCTGCGCCGACGAGGCCGCCCTCTGCACCGAGTGCGACCAGAAAGTGCACGCCGCCAATAAGCTCGCCAGCAAACACCAGAGGGTTCCTCTCTCGACTTGTTCGTCGCAGAAGCCCAAGTGCGATATATGCCAGGAAACAGTAGGGTATTTCTTTTGCTTGGAAGACCGAGCTCTGCTCTGCAGAAGATGTGATGTTTCTGTACACACTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766374.1
MKIQCNVCEAAEAKVLCCADEAALCTECDQKVHAANKLASKHQRVPLSTCSSQKPKCDICQETVGYFFCLEDRALLCRRCDVSVHTANRLVAAHQRFLLTGVKVGLEATKLDRAPPPSTTDLPAQAQGDISSSKTGGSMSQWPLDEFLELGDYTHKYDFMDPAGSSKSEANCGKFGDADWSPVVQVADMELEGDEQNTCFWRVPEIPSPPTASGLYSWSHSAAFVHHRPHGDGPVSDRLVPEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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