当前解析结果
SmilChr01G002784| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002784 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002784 |
| 描述 | IQ domain-containing protein IQM1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 46316081 - 46319103 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986855 |
|---|---|
| GeneID | 130986855 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986855 |
| 原始查询 | LOC130986855 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | IQ domain-containing protein IQM1-like |
| 产物 | IQ domain-containing protein IQM1-like |
| Arabidopsis | AT5G57010 (AT5G57010)calmodulin-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835803] identity=63.2; qcov=0.901; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0197300- identity=57.1; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30383 (IQM_M) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986855 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057766375.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057766375.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057766375.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766375.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766375.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:46317412 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A6,C37 |
Chr1:46317553 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A15,B101,C10,C55,C83 |
Chr1:46317806 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:46318312 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:46318451 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B112,B14,B15,C26,D11 |
Chr1:46318521 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B67,B99 |
Chr1:46318540 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A14 |
Chr1:46318578 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr1:46318743 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B30,C16,C32,C68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766375.1PF30383
IQM_M 274-365 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766375.1 |
Pfam | PF30383 |
IQM_M | Domain | 274 | 365 | 8.6e-44 | 148.3 | IQ motif-containing protein middle domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。