Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002784

染色体: Chr01 坐标: 46316081-46319103 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002784
名称SmilChr01G002784
描述IQ domain-containing protein IQM1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向46316081 - 46319103 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986855
GeneID130986855
locus_tag-
NCBI NameLOC130986855
原始查询LOC130986855

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述IQ domain-containing protein IQM1-like
产物IQ domain-containing protein IQM1-like
ArabidopsisAT5G57010 (AT5G57010)
calmodulin-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835803]
identity=63.2; qcov=0.901; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0197300
-
identity=57.1; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF30383 (IQM_M)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986855

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057766375.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057766375.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057766375.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766375.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766375.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:46317412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C37
Chr1:46317553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B101,C10,C55,C83
Chr1:46317806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:46318312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:46318451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B14,B15,C26,D11
Chr1:46318521 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,B99
Chr1:46318540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr1:46318578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr1:46318743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B30,C16,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766375.1
513 aa
N
1
256
513
IQM_M
C
PF30383 IQM_M 274-365 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766375.1 Pfam PF30383 IQM_M Domain 274 365 8.6e-44 148.3 IQ motif-containing protein middle domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910392.1
TTTTTTTTTTTGTGTGTGGATGACTCTTCATGGAAGCAGCCTAAGGCTTACTTTCTTTGACCAATACAATACCCCAACACACACACACACACACAGATTGTATCTATATGTATATATAGCCTGCTTTGAAATGTTTTCCGTATATTCGCTGCGAGTGCTGGAGTTTTCAGCAACCAAAAAGGCCAAAGCTTTTCCACTCCAAAGAAAACAAAGTGCTTAAAAATCCAATCTTTGAATCCCTCAAACCTCGTGGTTTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986855
ATGGGATTGTCTCTCTCATTACTTGTATCAGCTTGGCAAGAAACAGTGAACCATAGACTTTTCAACTTGGCCTTTGGGGTTGAATTTGGGGGTGCAAAAAAGTTGAGAACCAACAGCTTTGGGAAATCAGGAACTGTGGCCATGACCATAACAAAAGGGCTGAGCAGCATGAGCAGGAAGAATTCTATAAAGTTGAGGAATTGTGAGCCTGTGAAACTGATTCTTGAAACCTCACTTTCATTCAAGGACTTGGTTATGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766375.1
MGLSLSLLVSAWQETVNHRLFNLAFGVEFGGAKKLRTNSFGKSGTVAMTITKGLSSMSRKNSIKLRNCEPVKLILETSLSFKDLVMKSEGGDAAEGHSDKLASAIDLPEPAIMFSPRPVSELDAAAVKLQKVYKSYRTRRNLADCAVVVEELWWKALDFAALKRSSVSFFNDEKPETAVSRWARARTRAAKVGKGLSKDEKAQKLALQHWLEAIDPRHRYGHNLHLYYDVWFKSESAQPFFYWLDVGDGKEVNLEKCPRP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器