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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002787

染色体: Chr05 坐标: 32568062-32574662 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002787
名称SmilChr05G002787
描述nuclear pore complex protein NUP98B-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向32568062 - 32574662 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986873
GeneID130986873
locus_tag-
NCBI NameLOC130986873
原始查询LOC130986873

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nuclear pore complex protein NUP98B-like
产物nuclear pore complex protein NUP98B-like
ArabidopsisAT1G59660 (AT1G59660)
Nucleoporin autopeptidase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842256]
identity=41.2; qcov=0.558; evalue=6.24e-76; confidence=medium
RiceOs12g0165900 (OsNucAP2)
-
identity=43.7; qcov=0.5; evalue=1.47e-72; confidence=medium
GOGO:0000973 (post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery); GO:0005643 (nuclear pore); GO:0006405 (RNA export from nucleus); GO:0006606 (protein import into nucleus); GO:0017056 (structural constituent of nuclear pore); GO:0044614 (nuclear pore cytoplasmic filaments)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04096 (Nucleoporin2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986873

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766383.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.80000 XP_057766387.1
3 Nuclear pore complex 核孔复合体 0.20000 XP_057766387.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766383.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766383.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:32568326 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,C47,C64,C66
Chr5:32568477 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B104,B4,B94
Chr5:32568477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B4,B94
Chr5:32568485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr5:32568490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B62,B79,C7
Chr5:32568540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr5:32568572 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B33
Chr5:32568572 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 B33
Chr5:32568722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B93,C53
Chr5:32569902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B27,B99,C4,C75
Chr5:32569917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr5:32570131 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B27,B99,C4,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766383.1
862 aa
N
1
431
862
Nucleoporin2
C
PF04096 Nucleoporin2 721-862 aa
XP_057766384.1
860 aa
N
1
430
860
Nucleoporin2
C
PF04096 Nucleoporin2 719-860 aa
XP_057766385.1
857 aa
N
1
428
857
Nucleoporin2
C
PF04096 Nucleoporin2 716-857 aa
XP_057766386.1
844 aa
N
1
422
844
Nucleoporin2
C
PF04096 Nucleoporin2 703-844 aa
XP_057766387.1
710 aa
N
1
355
710
Nucleoporin2
C
PF04096 Nucleoporin2 569-710 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766383.1 Pfam PF04096 Nucleoporin2 Domain 721 862 1e-37 130.2 Nup98-96 autopeptidase S59
XP_057766384.1 Pfam PF04096 Nucleoporin2 Domain 719 860 1e-37 130.2 Nup98-96 autopeptidase S59
XP_057766385.1 Pfam PF04096 Nucleoporin2 Domain 716 857 1e-37 130.2 Nup98-96 autopeptidase S59
XP_057766386.1 Pfam PF04096 Nucleoporin2 Domain 703 844 1e-37 130.3 Nup98-96 autopeptidase S59
XP_057766387.1 Pfam PF04096 Nucleoporin2 Domain 569 710 7.7e-38 130.6 Nup98-96 autopeptidase S59

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910400.1
ACCTCGGGGTCGGCAGTTGAGAATTCTCCATAACCGTCAGACGCTTAGCTTTGAGAAAAAGCTACACGCTACACCTACTCCAACGGCTTACTTTATAAGCTACTCGTCATCGCGCCGCAGTACTCACCATATATATATCTCTCTCTCTCTCTAAGCAACCGCAAAACCTTCCCCTCAAACCCTCACTTTCGCGGAAAATGGTTGCGCAACATCATCACGGCTTCTCTGTCTCAACAAAACCTTGGAGCATTACTGGAACA...
XM_057910403.1
TTACTTTATAAGCTACTCGTCATCGCGCCGCAGTACTCACCATATATATATCTCTCTCTCTCTCTAAGCAACCGCAAAACCTTCCCCTCAAACCCTCACTTTCGCGGAAAATGGTTGCGCAACATCATCACGGCTTCTCTGTCTCAACAAAACCTTGGAGCATTACTGGAACAGAATGTCAAGGACGTAGAGAAGCACCGTATTCTGAGACACCAGAAGTCAATAGTGGGATCTCCGCTGGAATGATCAAATCGATATCA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130986873
ATGGTTGCGCAACATCATCACGGCTTCTCTGTCTCAACAAAACCTTGGAGCATTACTGGAACAGAATGTCAAGGACGTAGAGAAGCACCGTATTCTGAGACACCAGAAGTCAATAGTGGGATCTCCGCTGGAATGATCAAATCGATATCAGCAATGCCTCATTACAAAGACAGAAGTCATGAAGAGTTGAGGTTAGAGGAATCTAGACTACTCAAGGGATATAGTTTTCCTAGCCAGAGTGCATTTCAACAATCAAGCCC...
LOC130986873
ATGGTTGCGCAACATCATCACGGCTTCTCTGTCTCAACAAAACCTTGGAGCATTACTGGAACAGAATGTCAAGGACGTAGAGAAGCACCGTATTCTGAGACACCAGAAGTCAATAGTGGGATCTCCGCTGGAATGATCAAATCGATATCAGCAATGCCTCATTACAAAGACAGAAGTCATGAAGAGTTGAGGTTAGAGGAATCTAGACTACTCAAGGGATATAGTTTTCCTAGCCAGAGTGCATTTCAACAATCAAGCCC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057766383.1
MVAQHHHGFSVSTKPWSITGTECQGRREAPYSETPEVNSGISAGMIKSISAMPHYKDRSHEELRLEESRLLKGYSFPSQSAFQQSSPLFGPLTSLVPSSEPSFRATATLVSDASVKPTIGTGFGYFPFGGSTGDGFVGRDLTNSAFGTSSTKMFSPTNNSRPTSSAFGVSSASSSFGITSTPGFLSGTSNKPVSTTSVFSSGSTSASRSNSIFGIQTSPGSQSTTSTKYQGSRPGFSATVERENNRDVVGNMQSISAMPF...
XP_057766384.1
MVAQHHHGFSVSTKPWSITGTECQGRREAPYSETPEVNSGISAGMIKSISAMPHYKDRSHEELRLEESRLLKGYSFPSQSAFQQSSPLFGPLTSLVPSSEPSFRATATLVSDASVKPTIGTGFGYFPFGGSTGDGFVGRDLTNSAFGTSSTKMFSPTNNSRPTSSAFGVSSASSSFGITSTPGFLSGTSNKPVSTTSVFSSGSTSASRSNSIFGIQTSPGSQSTTSTKYQGSRPGFSATVERENNRDVVGNMQSISAMPF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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