Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002805

染色体: Chr05 坐标: 32819260-32823293 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002805
名称SmilChr05G002805
描述protein GRAVITROPIC IN THE LIGHT 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向32819260 - 32823293 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986891
GeneID130986891
locus_tag-
NCBI NameLOC130986891
原始查询LOC130986891

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein GRAVITROPIC IN THE LIGHT 1-like
产物protein GRAVITROPIC IN THE LIGHT 1-like
ArabidopsisAT1G53380 (AT1G53380)
-
identity=48.7; qcov=1.03; evalue=1.63e-146; confidence=high
RiceOs01g0203800
-
identity=41.4; qcov=0.882; evalue=3.84e-83; confidence=medium
GOGO:0009639 (response to red or far red light); GO:0009959 (negative gravitropism)
KEGG-
PfamPF04859 (DUF641); PF24994 (GIL1_IRKI_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986891

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057766410.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057766410.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057766410.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766410.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766410.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:32822093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:32822400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B128,B65
Chr5:32822667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr5:32822673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B128,B65
Chr5:32822726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr5:32822861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B27
Chr5:32822915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr5:32822996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B23,C64,C66
Chr5:32823005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B27
Chr5:32823021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B74,B77,C61,C74
Chr5:32823065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B31,B7,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766410.1
452 aa
N
1
226
452
DUF641
GIL1_IRKI_C
C
PF04859 DUF641 80-202 aa PF24994 GIL1_IRKI_C 401-450 aa
XP_057766411.1
449 aa
N
1
224
449
DUF641
GIL1_IRKI_C
C
PF04859 DUF641 77-199 aa PF24994 GIL1_IRKI_C 398-447 aa
XP_057766412.1
449 aa
N
1
224
449
DUF641
GIL1_IRKI_C
C
PF04859 DUF641 77-199 aa PF24994 GIL1_IRKI_C 398-447 aa
XP_057766413.1
449 aa
N
1
224
449
DUF641
GIL1_IRKI_C
C
PF04859 DUF641 77-199 aa PF24994 GIL1_IRKI_C 398-447 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766410.1 Pfam PF04859 DUF641 Family 80 202 2.6e-38 132.0 Plant protein of unknown function (DUF641)
XP_057766410.1 Pfam PF24994 GIL1_IRKI_C Domain 401 450 6.7e-19 68.4 GIL1/IRKI C-terminal domain
XP_057766411.1 Pfam PF04859 DUF641 Family 77 199 2.5e-38 132.0 Plant protein of unknown function (DUF641)
XP_057766411.1 Pfam PF24994 GIL1_IRKI_C Domain 398 447 3.1e-19 69.4 GIL1/IRKI C-terminal domain
XP_057766412.1 Pfam PF04859 DUF641 Family 77 199 2.5e-38 132.0 Plant protein of unknown function (DUF641)
XP_057766412.1 Pfam PF24994 GIL1_IRKI_C Domain 398 447 3.1e-19 69.4 GIL1/IRKI C-terminal domain
XP_057766413.1 Pfam PF04859 DUF641 Family 77 199 2.5e-38 132.0 Plant protein of unknown function (DUF641)
XP_057766413.1 Pfam PF24994 GIL1_IRKI_C Domain 398 447 3.1e-19 69.4 GIL1/IRKI C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910428.1
GTTAGTATTTCGCCTGTAAAAACAAGCACCGCGTTACTAAGACAGAGCTCGAATTTACCAATATAACCTCGCGGGGTGGAAGAGATATTGAGAGTAGCACGACTTCCAAAGCGAAGGACAAAAGCGTCCAAAGAGTCTCCGAAATAAGGAATTTGTCCCCACTCTGTTCTCCGTGTGTTTCTAATTCCCAATGCCTACTTCTGTCCAGCCTTCTCCCATTCACCCGCTCGTCATTTTCATTCTCTCTCTCTCTCTCAAGT...
XM_057910427.1
CGTACGGTTCATTTTCTTTTTTACCTCCTCCTGTTGTAGAGGATCATGGTAAATTTTGTCACGTGAGTGCCACGTGATCACCCCACCTGGTTTGTATTTTTATCATGTGAGTGAAGAATGTGGGGTCCAGAAAATTTGCAGGGATGAAAACTACTTTTATGGACTGTGGTTTTATCCATTGGTTGATGTGTGGTGTGGATTTTCAAAACTCGTTGGACGGTTATGAATCATGACTGCATCATGATAAATTATGTCTCTTC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130986891
ATGCCAATGATGGATTCGGTGAAACGCTCTGCGGTCACACCGAGTAAGAGTAGATTGGCGCGCGCTATTGCCAAGGCTATGCACATCCATGCATTCACTGGTATAGCTCCAGACGATGATGGTATTCGAAAGACGAAGTCTCGTGACAAAACAGAGAAAGATCATTTTAAGCACTTCGAGGTTTCCACTTTCAAGGACGAAGACGAGGAGGAGCTCCTGCAGCAGGATGACAGGATAGTCAAAGAAGCCTTTCTCTCGAA...
LOC130986891
ATGGATTCGGTGAAACGCTCTGCGGTCACACCGAGTAAGAGTAGATTGGCGCGCGCTATTGCCAAGGCTATGCACATCCATGCATTCACTGGTATAGCTCCAGACGATGATGGTATTCGAAAGACGAAGTCTCGTGACAAAACAGAGAAAGATCATTTTAAGCACTTCGAGGTTTCCACTTTCAAGGACGAAGACGAGGAGGAGCTCCTGCAGCAGGATGACAGGATAGTCAAAGAAGCCTTTCTCTCGAAACTGTTTGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057766410.1
MPMMDSVKRSAVTPSKSRLARAIAKAMHIHAFTGIAPDDDGIRKTKSRDKTEKDHFKHFEVSTFKDEDEEELLQQDDRIVKEAFLSKLFAAVSAVKAAYAEMQFAQSPHDADGIQAADKIVISELKYLSELKRSYLKKQLDEASPATMLVLSEIKEQKSTLKIYEVTAKKLDSLLKLKDSETFSLKGKLSEANKANKLLERRLSSSGQFVIPDNIQLSDLRAGNFLSYYRQTLKYIRSFVQVLITEMRCADWDLDAAGNS...
XP_057766411.1
MDSVKRSAVTPSKSRLARAIAKAMHIHAFTGIAPDDDGIRKTKSRDKTEKDHFKHFEVSTFKDEDEEELLQQDDRIVKEAFLSKLFAAVSAVKAAYAEMQFAQSPHDADGIQAADKIVISELKYLSELKRSYLKKQLDEASPATMLVLSEIKEQKSTLKIYEVTAKKLDSLLKLKDSETFSLKGKLSEANKANKLLERRLSSSGQFVIPDNIQLSDLRAGNFLSYYRQTLKYIRSFVQVLITEMRCADWDLDAAGNSIEP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器