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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002806

染色体: Chr05 坐标: 32854115-32856487 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002806
名称SmilChr05G002806
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g53330
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向32854115 - 32856487 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986893
GeneID130986893
locus_tag-
NCBI NameLOC130986893
原始查询LOC130986893

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g53330
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g53330
ArabidopsisAT1G53330 (AT1G53330)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841768]
identity=48.1; qcov=0.942; evalue=9.24e-139; confidence=high
RiceOs05g0207200
-
identity=41.7; qcov=0.957; evalue=1.18e-103; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986893

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057766415.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766415.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766415.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766415.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766415.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:32855448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr5:32855515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr5:32855531 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 11 A11,B16,B35,B44,B6,B73,B97,C39,C56,C67,D8
Chr5:32855567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B7,C11,C47,C69
Chr5:32855604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B122
Chr5:32855633 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr5:32855913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B22
Chr5:32856004 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C4
Chr5:32856075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr5:32856109 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:32856171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C64,C66,C83
Chr5:32856238 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B7,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766415.1
466 aa
N
1
233
466
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
C
PF01535 PPR 87-114 aa PF12854 PPR_1 150-179 aa PF13812 PPR_3 151-196 aa PF13041 PPR_2 151-199 aa PF01535 PPR 155-184 aa PF17177 PPR_long 155-287 aa PF13812 PPR_3 175-232 aa PF12854 PPR_1 182-215 aa PF13041 PPR_2 186-235 aa PF01535 PPR 189-216 aa PF01535 PPR 226-254 aa PF13812 PPR_3 246-304 aa PF01535 PPR 261-290 aa PF13041 PPR_2 261-302 aa PF13812 PPR_3 281-337 aa PF12854 PPR_1 288-321 aa PF13041 PPR_2 292-341 aa PF01535 PPR 295-325 aa PF12854 PPR_1 323-355 aa PF13041 PPR_2 327-376 aa PF01535 PPR 330-360 aa PF13812 PPR_3 351-391 aa PF12854 PPR_1 358-390 aa PF01535 PPR 365-390 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766415.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 87 114 1.3e-53 176.3 PPR repeat
XP_057766415.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 150 179 3e-64 213.1 PPR repeat
XP_057766415.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 151 196 3.9e-41 139.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057766415.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 151 199 8.9e-82 269.8 PPR repeat family
XP_057766415.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 155 184 1.3e-53 176.3 PPR repeat
XP_057766415.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 155 287 1.9e-15 57.5 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057766415.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 175 232 3.9e-41 139.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057766415.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 182 215 3e-64 213.1 PPR repeat
XP_057766415.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 186 235 8.9e-82 269.8 PPR repeat family
XP_057766415.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 189 216 1.3e-53 176.3 PPR repeat
XP_057766415.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 226 254 1.3e-53 176.3 PPR repeat
XP_057766415.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 246 304 3.9e-41 139.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057766415.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 261 290 1.3e-53 176.3 PPR repeat
XP_057766415.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 261 302 8.9e-82 269.8 PPR repeat family
XP_057766415.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 281 337 3.9e-41 139.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057766415.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 288 321 3e-64 213.1 PPR repeat
XP_057766415.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 292 341 8.9e-82 269.8 PPR repeat family
XP_057766415.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 295 325 1.3e-53 176.3 PPR repeat
XP_057766415.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 323 355 3e-64 213.1 PPR repeat
XP_057766415.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 327 376 8.9e-82 269.8 PPR repeat family
XP_057766415.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 330 360 1.3e-53 176.3 PPR repeat
XP_057766415.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 351 391 3.9e-41 139.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057766415.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 358 390 3e-64 213.1 PPR repeat
XP_057766415.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 365 390 1.3e-53 176.3 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910432.1
ATTGTAGCAGTAGTTGAGTTTAAGAAATGCAGACAGCGAAGAAGGTAATGGTATCACCATTCAGACTTTCCTCTCTCCTCCGCCGCGAAAAAGACCCAAAGCTAGCTCTTCATCTCTTCCTCAACCCTAACCGCCATCACCCTAATGCCAAACCATTTCGTCACTCTCTTCTCTCCTACGATCTCATCATCTCCAAACTCGGCCGAGCCAAAATGTTCTCTGAGATGGAAAATATTATGGAGAAATTGAAACACGACACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986893
ATGCAGACAGCGAAGAAGGTAATGGTATCACCATTCAGACTTTCCTCTCTCCTCCGCCGCGAAAAAGACCCAAAGCTAGCTCTTCATCTCTTCCTCAACCCTAACCGCCATCACCCTAATGCCAAACCATTTCGTCACTCTCTTCTCTCCTACGATCTCATCATCTCCAAACTCGGCCGAGCCAAAATGTTCTCTGAGATGGAAAATATTATGGAGAAATTGAAACACGACACCCGCATTAACCCACAAGAAATAATTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766415.1
MQTAKKVMVSPFRLSSLLRREKDPKLALHLFLNPNRHHPNAKPFRHSLLSYDLIISKLGRAKMFSEMENIMEKLKHDTRINPQEIIFCNIMTFYSRARLPNKALQLFDEIPSYRCPRTVKAVNTLLNSLLICSEFDKMVEVFAGIENYANPDACTYNILINACCVRLSTESAWNVFDEMLSRGIAPNVVTFGTLINGLCANWELDAAFSLKTRMERDFKIRPDAHIYIALIKGLCCVFRLDEAIKLKGEMLTKKVRLVPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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