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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002832

染色体: Chr05 坐标: 33646582-33650956 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002832
名称SmilChr05G002832
描述TPR repeat-containing thioredoxin TTL1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向33646582 - 33650956 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986905
GeneID130986905
locus_tag-
NCBI NameLOC130986905
原始查询LOC130986905

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述TPR repeat-containing thioredoxin TTL1-like
产物TPR repeat-containing thioredoxin TTL1-like
ArabidopsisAT1G53300 (TTL1)
tetratricopetide-repeat thioredoxin-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841764]
identity=62.5; qcov=0.799; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0218200
-
identity=51.9; qcov=0.979; evalue=1.33e-169; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF00085 (Thioredoxin); PF07719 (TPR_2); PF13181 (TPR_8); PF13414 (TPR_11); PF13432 (TPR_16)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986905

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057766429.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057766429.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057766429.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766429.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766429.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:33647601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr5:33647783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B134,C47
Chr5:33648231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:33648295 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,B89
Chr5:33648518 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:33649887 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:33649889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C47
Chr5:33650098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B7,C11,C69
Chr5:33650195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr5:33650468 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 14 A13,A15,B15,B55,B64,B94,B99,C31,C35,C4,C58,C62,C8,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766429.1
679 aa
N
1
340
679
TPR_2
TPR_16
TPR_11
TPR_2
TPR_8
Thioredoxin
C
PF07719 TPR_2 212-240 aa PF13432 TPR_16 213-274 aa PF13414 TPR_11 214-252 aa PF07719 TPR_2 241-273 aa PF13181 TPR_8 400-431 aa PF00085 Thioredoxin 584-672 aa
XP_057766430.1
567 aa
N
1
284
567
TPR_2
TPR_16
TPR_11
TPR_2
TPR_8
C
PF07719 TPR_2 212-240 aa PF13432 TPR_16 213-274 aa PF13414 TPR_11 214-252 aa PF07719 TPR_2 241-273 aa PF13181 TPR_8 400-431 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766429.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 212 240 3.8e-34 114.7 Tetratricopeptide repeat
XP_057766429.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 213 274 2.3e-14 54.2 Tetratricopeptide repeat
XP_057766429.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 214 252 4.2e-24 84.7 TPR repeat
XP_057766429.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 241 273 3.8e-34 114.7 Tetratricopeptide repeat
XP_057766429.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 400 431 2.1e-13 50.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057766429.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 584 672 4.8e-12 46.5 Thioredoxin
XP_057766430.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 212 240 7.4e-35 116.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057766430.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 213 274 7.6e-15 55.8 Tetratricopeptide repeat
XP_057766430.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 214 252 1.5e-24 86.1 TPR repeat
XP_057766430.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 241 273 7.4e-35 116.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057766430.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 400 431 6.2e-14 51.6 Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910446.1
AGAGAAAAAGAGGGAGAGTAATTAAAAAAAGGGAGTGGGGAAGAGTGAGAGTAAATGGGAGAGATAGAGAGAATAGAAACCTGTCTCGTGAAGCTGCAGGTAAAGAAAAGAAAATATATATCAAAAAAAGCTCTTTTCTTTTCCTCTCTTTCTCTCTCATTCCTTCCTCTGTAAAACCCACTCTGGTTTTCTCTCTCTAAAGAAAAATCAGAAGAGGTTGGTTTCTCTCTCTAGCATTCACATTCATTCTTTGCTTCACC...
XM_057910447.1
AAAAAGAGGGAGAGTAATTAAAAAAAGGGAGTGGGGAAGAGTGAGAGTAAATGGGAGAGATAGAGAGAATAGAAACCTGTCTCGTGAAGCTGCAGGTAAAGAAAAGAAAATATATATCAAAAAAAGCTCTTTTCTTTTCCTCTCTTTCTCTCTCATTCCTTCCTCTGTAAAACCCACTCTGGTTTTCTCTCTCTAAAGAAAAATCAGAAGAGGTTGGTTTCTCTCTCTAGCATTCACATTCATTCTTTGCTTCACCCTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986905
ATGTCGGGGAAAACCAAACCGGAATTAGGGTTGGAATCGCTCTCGGATCGGCTCAGAAACACCCTCACCTACGACGAAGAAGATTGCGATGTGGTCAACAAGCCGGACTTCCGGGAACTTGATCTGGGCTCGCCCGTCTCCCCGCTCCGAACCCGGACCACCACCAGCAGCAGTTCCAGTTCATCCGGATCGGTTTCGGGCCGCAACTCCTCCGGACCCAACCCGAATCTGCCCCGAAAGTCCGATTCCATTCCCAACAG...
LOC130986905
ATGTCGGGGAAAACCAAACCGGAATTAGGGTTGGAATCGCTCTCGGATCGGCTCAGAAACACCCTCACCTACGACGAAGAAGATTGCGATGTGGTCAACAAGCCGGACTTCCGGGAACTTGATCTGGGCTCGCCCGTCTCCCCGCTCCGAACCCGGACCACCACCAGCAGCAGTTCCAGTTCATCCGGATCGGTTTCGGGCCGCAACTCCTCCGGACCCAACCCGAATCTGCCCCGAAAGTCCGATTCCATTCCCAACAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766429.1
MSGKTKPELGLESLSDRLRNTLTYDEEDCDVVNKPDFRELDLGSPVSPLRTRTTTSSSSSSSGSVSGRNSSGPNPNLPRKSDSIPNSHSGELSAESSPSALRNFKPGHTRSDSNPPSSSVTSPPLNVLPTGNICPSGRILKTGMASRSSKTDVLGSGSVNYGHGSIMRGALASKPAVDTSPPAYSRGLMVGGEPLKRPPAVCGGSDPEEVKRMGNDSYRKGNFAEALSLYDKAIALSPGNAAYHFNRAAALMGLRRLVEA...
XP_057766430.1
MSGKTKPELGLESLSDRLRNTLTYDEEDCDVVNKPDFRELDLGSPVSPLRTRTTTSSSSSSSGSVSGRNSSGPNPNLPRKSDSIPNSHSGELSAESSPSALRNFKPGHTRSDSNPPSSSVTSPPLNVLPTGNICPSGRILKTGMASRSSKTDVLGSGSVNYGHGSIMRGALASKPAVDTSPPAYSRGLMVGGEPLKRPPAVCGGSDPEEVKRMGNDSYRKGNFAEALSLYDKAIALSPGNAAYHFNRAAALMGLRRLVEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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