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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002829

染色体: Chr05 坐标: 33574637-33579467 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002829
名称SmilChr05G002829
描述fructose-bisphosphate aldolase 3, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向33574637 - 33579467 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986913
GeneID130986913
locus_tag-
NCBI NameLOC130986913
原始查询LOC130986913

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述fructose-bisphosphate aldolase 3, chloroplastic-like
产物fructose-bisphosphate aldolase 3%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G01140 (PDE345)
Aldolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814643]
identity=85; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0118000
-
identity=83.3; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004332 (fructose-bisphosphate aldolase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0006096 (glycolytic process); GO:0030388 (fructose 1,6-bisphosphate metabolic process)
KEGGsmil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00030 (Pentose phosphate pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00051 (Fructose and mannose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00710 (Carbon fixation by Calvin cycle - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00274 (Glycolytic)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986913

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057766447.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057766447.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766447.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766447.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766447.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:33576509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:33576538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr5:33576598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B139,B3,C17,C36
Chr5:33578198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:33578326 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr5:33578327 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,D11
Chr5:33578599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:33578644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:33578698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B2
Chr5:33578748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C4
Chr5:33579007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:33579037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766447.1
393 aa
N
1
196
393
Glycolytic
C
PF00274 Glycolytic 49-393 aa
XP_057766448.1
393 aa
N
1
196
393
Glycolytic
C
PF00274 Glycolytic 49-393 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766447.1 Pfam PF00274 Glycolytic Domain 49 393 7.3e-160 532.2 Fructose-bisphosphate aldolase class-I
XP_057766448.1 Pfam PF00274 Glycolytic Domain 49 393 7.3e-160 532.2 Fructose-bisphosphate aldolase class-I

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910465.1
TTGCATAAAATATTATTTAAAAATAGTTAATGTATTAAAATTTAAAAATTATCAAATACAGAGAGGCGTTAGTTTTTAGAGTTTCAGCCTCTTCTACAGTGTTGTCCACTTCTCCCAAAATTCTACACTAATTTCATCCGCCGTTTCACTTTGAATCCTCCAAACATACAATTTAATTCTTTCTCCACGGAGTCTACCTCACCTCACTTTGTCTCCAAATCTCATCGTCAACATCCCTCTCCTCCAACTCCTCCAATCTG...
XM_057910464.1
TAGTTTTTAGAGTTTCAGCCTCTTCTACAGTGTTGTCCACTTCTCCCAAAATTCTACACTAATTTCATCCGCCGTTTCACTTTGAATCCTCCAAACATACAATTTAATTCTTTCTCCACGGAGTCTACCTCACCTCACTTTGTCTCCAAATCTCATCGTCAACATCCCTCTCCTCCAACTCCTCCAATCTGCCACCGTCTTCTACCCGCCACCTAACCCACCTTCTCTCAAGGATCGACGAATAGGATTAGTATTTAAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986913
ATGGCTTGCTCAAGTGTGGTCAAACTCAACGCCGCCTCCTCCTCGTGGATCGCAGGCCAGAAGTCATTCAATAAGCCAACCGGATCGTCGGCGGGATTCCCGAACCACCGCGTTTCTGTCATCCGCGCCGGATCTTACACCGACGAGCTCCTCAAGACTGCTAAATCGATTGCATCTCCTGGTCGGGGAATCCTTGCAATTGATGAATCCAATGCAACATGCGGAAAGAGGTTGGCCTCCATTGGACTTGACAACACAGA...
LOC130986913
ATGGCTTGCTCAAGTGTGGTCAAACTCAACGCCGCCTCCTCCTCGTGGATCGCAGGCCAGAAGTCATTCAATAAGCCAACCGGATCGTCGGCGGGATTCCCGAACCACCGCGTTTCTGTCATCCGCGCCGGATCTTACACCGACGAGCTCCTCAAGACTGCTAAATCGATTGCATCTCCTGGTCGGGGAATCCTTGCAATTGATGAATCCAATGCAACATGCGGAAAGAGGTTGGCCTCCATTGGACTTGACAACACAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766447.1
MACSSVVKLNAASSSWIAGQKSFNKPTGSSAGFPNHRVSVIRAGSYTDELLKTAKSIASPGRGILAIDESNATCGKRLASIGLDNTETNRQAYRQLLLTTPGLGDYISGAIMFEETLYQSTTDGRKFVDCLHAENILPGIKVDKGLVPLPGSNNESWCQGLDGLASRSAEYYKQGARFAKWRTVVSIPCGPSALAVKEAAWGLARYAAISQDNGLVPIVEPEILLDGDHSIDRTLEVAERVWAEVFYYLAENNVVFEGIL...
XP_057766448.1
MACSSVVKLNAASSSWIAGQKSFNKPTGSSAGFPNHRVSVIRAGSYTDELLKTAKSIASPGRGILAIDESNATCGKRLASIGLDNTETNRQAYRQLLLTTPGLGDYISGAIMFEETLYQSTTDGRKFVDCLHAENILPGIKVDKGLVPLPGSNNESWCQGLDGLASRSAEYYKQGARFAKWRTVVSIPCGPSALAVKEAAWGLARYAAISQDNGLVPIVEPEILLDGDHSIDRTLEVAERVWAEVFYYLAENNVVFEGIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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