当前解析结果
SmilChr05G002861| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002861 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002861 |
| 描述 | basic leucine zipper 61-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 34097042 - 34099542 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986937 |
|---|---|
| GeneID | 130986937 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986937 |
| 原始查询 | LOC130986937 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | basic leucine zipper 61-like |
| 产物 | basic leucine zipper 61-like |
| Arabidopsis | AT3G58120 (BZIP61)Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824981] identity=54.8; qcov=1.15; evalue=3.4e-95; confidence=high |
| Rice | Os01g0756200 (OsbZIP06)- identity=52.8; qcov=1.01; evalue=7.67e-75; confidence=high |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00170 (bZIP_1); PF03131 (bZIP_Maf); PF07716 (bZIP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986937 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057766479.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766479.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766479.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057766479.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057766479.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:34097637 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 5 | A15,B15,B4,B94,C62 |
Chr5:34097637 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 5 | A15,B15,B4,B94,C62 |
Chr5:34097700 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,B140,C4 |
Chr5:34098268 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B128,C18,C29,C72,D2 |
Chr5:34098301 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,A3,B33 |
Chr5:34098457 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr5:34098469 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr5:34098786 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A6,B80,C38 |
Chr5:34098973 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766479.1PF07716
bZIP_2 142-189 aa
PF00170
bZIP_1 144-189 aa
PF03131
bZIP_Maf 144-195 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766479.1 |
Pfam | PF07716 |
bZIP_2 | Coiled-coil | 142 | 189 | 4.6e-08 | 33.7 | Basic region leucine zipper |
XP_057766479.1 |
Pfam | PF00170 |
bZIP_1 | Coiled-coil | 144 | 189 | 5.1e-10 | 40.0 | bZIP transcription factor |
XP_057766479.1 |
Pfam | PF03131 |
bZIP_Maf | Coiled-coil | 144 | 195 | 4.7e-05 | 24.5 | bZIP Maf transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。