Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002882`

染色体: Chr05 坐标: 34528234-34531832 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002882`
名称	SmilChr05G002882
描述	uncharacterized SmilChr05G002882
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	34528234 - 34531832 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986954`
GeneID	`130986954`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986954`
原始查询	`LOC130986954`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841728]; symbol=AT1G52950; hit=AT1G52950; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841728]; symbol=AT1G52950; hit=AT1G52950; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G52950` (AT1G52950) Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841728] identity=28.1; qcov=0.976; evalue=6.18e-20; confidence=low
Rice	`Os07g0190600` - identity=23.6; qcov=0.919; evalue=3.99e-11; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02721 (DUF223); PF16900 (REPA_OB_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986954

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766490.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057766490.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766490.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766490.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057766490.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:34529623`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B122
`Chr5:34529623`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B122
`Chr5:34529887`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,A5,C42
`Chr5:34529928`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B105
`Chr5:34530048`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B104,B106,B126,B18,B73,B76
`Chr5:34530100`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B119
`Chr5:34530100`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B119
`Chr5:34531477`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C60,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766490.1

369 aa

184

369

DUF223

REPA_OB_2

PF02721 DUF223 13-131 aa PF16900 REPA_OB_2 128-226 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766490.1`	Pfam	`PF02721`	DUF223	Domain	13	131	4.4e-19	69.5	Domain of unknown function DUF223
`XP_057766490.1`	Pfam	`PF16900`	REPA_OB_2	Domain	128	226	7.7e-07	29.7	Replication protein A OB domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910507.1
GGTAAGTTGAAGTTTATGCTTTGTTTCTCCTGTTCTGCTTTCGGTAAGTTGAAGTTTATGCTCTCTTATTTATTTAGCCCGTCGAAATTCGTTGATGTATTTATAAAGTGCGTAGAATTGTGTGAATCTGATTTTAATGGAAACAAGTATATTTTGTTGATTTCTGGAGGCAGCAAAATCTATTGTCCTTACTAATATAGATTATCTATTTATTAGTCTACGTAATGACAATATTTTCCTCTTTCTGAATTAATATTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986954
ATGTCAACGAATAATGAAGCTATTCCTTTGAATGCCATCAAGGAAAAAATACGAAATAAATACGTGGTTGTCAGACTTTTACGCTTATGGGTTCAAAAAGATAAATTGGGCAAGGAAGGACTTGAAATGATCGTGATTGATGAATGGGGCAACAAAATTCAAGCATCCGTCTCAACAGGGAACAAGAATAAGTTTCATGAGTTACTTAAAGAGGGACAAATAACAGTTATTAAAAACTTCCAAGTAGTGAAAAACAATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766490.1
MSTNNEAIPLNAIKEKIRNKYVVVRLLRLWVQKDKLGKEGLEMIVIDEWGNKIQASVSTGNKNKFHELLKEGQITVIKNFQVVKNNPNFQHAKINHEWKISFTFRTIVSESTERPNITENGFDFIHFQNIHSHDQELVLDILGEVKTENITIDCVEMKHGKAKKCDITLADADGTQVICVLWESYADELKIFMESRSSEDKEPVMIALQFAMLSTFRGVTKVSTMKHATRFFISPDIQEVKDFILRRGLTKDSNNNTVAN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器