Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002796`

染色体: Chr01 坐标: 46455842-46458021 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002796`
名称	SmilChr01G002796
描述	uncharacterized SmilChr01G002796
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	46455842 - 46458021 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986973`
GeneID	`130986973`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986973`
原始查询	`LOC130986973`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SH3/FCH domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843198]; symbol=AT1G68680; hit=AT1G68680; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	SH3/FCH domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843198]; symbol=AT1G68680; hit=AT1G68680; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G68680` (AT1G68680) SH3/FCH domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843198] identity=79.2; qcov=0.935; evalue=9.05e-33; confidence=medium
Rice	`Os05g0176600` - identity=79.5; qcov=0.506; evalue=3.64e-16; confidence=low
GO	GO:0005747 (GO:0005747); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986973

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057766510.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.60000	`XP_057766510.1`
3	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.40000	`XP_057766510.1`
4	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057766510.1`
5	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057766510.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:46456091`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,D10
`Chr1:46456257`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C87
`Chr1:46457593`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C37
`Chr1:46457593`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910527.1
AGTATTTGTTTTTAGAATAAAAAAACAGAATTGTTTTTTCTCCATATTTTTTTTTTTTGAAACAAGAAGGAAGAAATATATTACGAATGCAATTTCGCTTCGCCTCTTTTCTATTCGAATTTCGAAGGGAAATTATTCGAAAAGTATTTTCCTTTTCAACCGAGTCATAGTTAGCGCCGCCGATCACCTATCCGGTACAAAAATCACGGTGGGCCGAGGTTTTTATGGCTCCACCGCCTTCTGATCCGAGCCCCCACGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986973
ATGGCTCCACCGCCTTCTGATCCGAGCCCCCACGACGTCGTCAGAAGGCAAAATAAAGGTCCTCAGTTCAAATTTCTAGTTCCTCTAATCTATGCCCCTGTTCTTCCTCTCATTCGGCTTTCACTCCGGCACAAACCGGTTTTGAGGGATCGATTGTTCACGGCAGTCTTGGCTGGAGCTTTCGCGCATGGAATGTATTTGGTAACAGATATATATGATGCTGAGAGCAAGTAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766510.1
MAPPPSDPSPHDVVRRQNKGPQFKFLVPLIYAPVLPLIRLSLRHKPVLRDRLFTAVLAGAFAHGMYLVTDIYDAESK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器