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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002906

染色体: Chr05 坐标: 34915064-34922536 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002906
名称SmilChr05G002906
描述formin-like protein 5
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向34915064 - 34922536 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986975
GeneID130986975
locus_tag-
NCBI NameLOC130986975
原始查询LOC130986975

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述formin-like protein 5
产物formin-like protein 5
ArabidopsisAT5G54650 (Fh5)
formin homology5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835554]
identity=67.5; qcov=0.491; evalue=0; confidence=medium
RiceOs07g0545500 (OsSTA198)
-
identity=57.8; qcov=0.51; evalue=6.86e-179; confidence=medium
GOGO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0045010 (actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG-
PfamPF02181 (FH2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986975

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057766508.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766508.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766508.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766508.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766508.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:34916930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C4
Chr5:34916990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr5:34917252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B140,C32,C68,D11
Chr5:34917298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B40
Chr5:34917704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B136,C33
Chr5:34917955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C43
Chr5:34918028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C73,D6
Chr5:34918050 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C36
Chr5:34918050 CCA C 2bp_deletion CDS_variant 1 C36
Chr5:34918377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr5:34918539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr5:34921561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766508.1
939 aa
N
1
470
939
FH2
C
PF02181 FH2 477-876 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766508.1 Pfam PF02181 FH2 Family 477 876 1.3e-102 344.4 Formin Homology 2 Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910525.1
AAACACAAGTCCTTGTTCCTTCTTACAGCGATGTTGAAGAAAAATGTAAAAATAAAAAGTATGAAATCATTTTAATTGGAGAAAGGAAATGAGAAAAGCTTCAAAAACGACTCTGTAAATCTTTGTCAGCTTCTGTATGCATACTTGGTCTTGCGGTGGCACACTGCTAAAGAAAAATTATTAATTAAACTTTCGTGGAAAAATTTTTCCTGGTCAACTCACGCGCTAGTTTTGCCCATTTGTAATTTCTTTTTCTTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986975
ATGAAGAATCAAGAAAGGAAAAGAGTGTTTTGTTTTGTGTGTTTTCTTGTGCTTTCAACTGTGTTAGTGCAAAGCAGGATGGAGGAAGAAGAACCTTTGCTGGCTTATCTAGTAGACTCGGGGCTCATAAATCTTGAGACGGGAGAATTATTAAGGGAAAATTGTCTGCCTGAGTTGTTACAAGCCCAAAAATCTTTACAAGATCTTGAACTCCGTTATGCAGAGAAGTCGAGTTATAGCAGTGAACTTGTGAATGTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766508.1
MKNQERKRVFCFVCFLVLSTVLVQSRMEEEEPLLAYLVDSGLINLETGELLRENCLPELLQAQKSLQDLELRYAEKSSYSSELVNVKSSRTQIHQAVNALLPQVHQILIDCARGKNLMLHNVGEEKSLGSGYTRYLKFMFNLPWSSTRRRLAQTFGEAPAPSPTSLSPSPAPSIPLAPTNNPASPPIFPFFHPDVNSNSPPTRGEQTSAGASNEQSSNHKSNKNTVVIAVVVTASVTLVIVAVLFIFCRRCCGICPGRGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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